'ape'系统发育gls - 警告消息，数据与树的顺序不同

Question

您好 - 我正在对蜥蜴数据进行系统发育分析。我已将系统发育树导入到R中的“ape”包中。对于两个物种，我缺少数据，因此我使用drop.tip函数将树数据与物种特征数据进行匹配：

tree.anole <- drop.tip(tree.anole, “Green”)
tree.anole <- drop.tip(tree.anole, “Brown”)

然而，当我尝试运行系统发育的gls时，我收到警告/错误消息。这是代码和发生的事情：

tree <- tree.anole
bm.anole <- corBrownian(phy=tree)
XY <- data.frame(Y,  X)
Z <- gls(Y ~ X, correlation=corBrownian(phy=tree), data = XY

Warning message:
In Initialize.corPhyl(X[[1L]], …) :
   Rownames in data frame do not match tree tip names; data taken to be in the same order as in tree

我猜gls函数没有考虑前面提到的drop.tip命令。有没有办法对此进行编码，以便gls将数据框与树匹配，同时考虑到缺少数据的两个物种？提前谢谢。

Answer 1

阅读错误消息：它表示数据框的rownames与树的提示名称不匹配。这是因为您的数据框没有rownames。您可以使用row.names(XY) <-设置行名称，并提供名称的向量。