使用FactoMineR标记个人因子图（PCA）上的点

Question

我使用FactoMineR运行PCA，似乎无法获得Individuals因子图上标记的各个点。我的数据集（“ExData.csv”）包含13行（标记为A到M）和10列（标记为N到W）的矩阵中的值。我正在运行以下内容：

mydata <- read.csv("ExData.csv",header=TRUE,row.names=1)
attach(mydata)

library(FactoMineR)
X <- cbind(N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W)
res.pca <- PCA(X)

当PCA运行时，我得到个人因子图（PCA），其标记为1-13，而不是A谷M.变量因子图（PCA）正确标记负载N到W.

如何才能正确标记个人因子图（PCA）图上的各个点（即A到J）？

Answer 1

问题是您的矩阵X具有列名但没有行名。因此，列标签会显示在您的PCA图中，但您只需将行 indices 作为图中观察值的标识，而不是行名称。

以下是一个例子：

#install.packages("FactoMineR")
library(FactoMineR)
set.seed(1)

df <- data.frame(matrix(runif(13 * 10),
                        nrow = 13,
                        ncol = 10,
                        dimnames = list(LETTERS[1:13], LETTERS[14:23])))

attach(df)
X <- cbind(N, O, P, Q, R, S, T, U, V, W)

此时rownames(X)为NULL，PCA(X)只能使用行索引来标识其图表中的观察结果。

要解决此问题，只需将行名称添加到传递给X的矩阵PCA()：

# restore row names
rownames(X) <- rownames(df)   # or something similar in your actual program
res.pca <- PCA(X)

结果如下：