Question

我是netcdf库的新手，我目前正在使用它从java中的hdf5文件中读取元数据。阅读之后，我认为netcdf对我来说是一个不错的库，所以使用它。

然而，在我尝试读取文件的第一步中，它会抛出错误

LOGGER.debug("Inside Try");
//InputStream fileStream = new FileInputStream(h5File);
                //parser.parse(fileStream, handler, metadata);

  LOGGER.debug("path is :"+ h5File.getPath());
   NetcdfFile hf5File = NetcdfFile.open(h5File.getPath());



    LOGGER.debug("Got NetCdFile");

我假设当我尝试打开它时会出现问题，因为它说：

内部尝试 13：42：04.393 [main] DEBUG e.k.n.c.m.e.HDF5MetadataExtractor - 路径为：/var/www/webdav/admin/1151/data/XXXX.h5 13：42：04.495 [主要] DEBUG ucar.nc2.NetcdfFile - 使用IOSP ucar.nc2.iosp.hdf5.H5iosp 13：42：04.544 [main] ERROR ucar.nc2.iosp.hdf5.H5header - shape [0] = 0必须是＆gt; 0

我的Hd5f是一个二维整数数组，我对这个数组不感兴趣，但是与文件关联的元数据组。

Answer 1

NetCDF-4创建了HDF5文件，这是真的。 HDF5库可以读取NetCDF-4生成的HDF5格式文件，但NetCDF-4无法读取任意HDF5文件。

您在Netcdf-Java中发现了一个错误，或者您有一个奇怪的HDF5文件。你确认这个文件没有以某种方式损坏吗？我会尝试的事情： - 使用C实用程序'ncdump -h'检查标头 - 使用HDF5 C实用程序'h5dump -H'通过HDF5检查文件

如果这两个命令都给出了合理的输出，那么问题可能在于netcdf-java。

Answer 2

Netcdf-Java是一个纯Java实现，可以读取大多数HDF5文件，详情请参阅：http://www.unidata.ucar.edu/software/thredds/current/netcdf-java/CDM/index.html#HDF5

如果发现失败，请将错误报告（和文件！）提交至netcdf-java@unidata.ucar.edu（必须在此处注册：http://www.unidata.ucar.edu/support/index.html#mailinglists）。但首先请确保您已尝试过最新版本（目前为4.6.3）。

Netcdf-Java可以将 netCDF-4文件（它们是HDF5文件）通过JNI接口写入netcdf-4 C库。 HDF5 java库也是JNI接口，除了直接到HDF5 C库。 HDF5 java库无法写入netCDF4文件（除非你真的知道你在做什么），因为HDF5没有实现共享维度，这对于netCDF数据模型至关重要。

对于地球科学，这导致了论证（免责声明：由我）你应该写netCDF-4，而不是直接写HDF5，详见：http://www.unidata.ucar.edu/blogs/developer/en/entry/dimensions_scales。

那么，这可能比你想要的更多信息; ^）

Netcdf java库用于读取HDf5错误

2 个答案: