Question

我正在尝试从MacOSX上的源代码构建NetCDF4。当我运行./configure时出现错误：

checking for library containing H5Fflush... no
configure: error: Can't find or link to the hdf5 library. Use --disable-netcdf-4, or     see config.log for errors.

我之前安装了hdf5，并将环境变量设置为：

LDFLAGS=-L/opt/local/lib
CPPFLAGS=-I/opt/local/include

在/ opt / local / lib中我有这些文件：

libhdf5.8.dylib             
libhdf5.a               
libhdf5.dylib               
libhdf5.settings            
libhdf5_cpp.8.dylib         
libhdf5_cpp.a               
libhdf5_cpp.dylib           
libhdf5_hl.8.dylib          
libhdf5_hl.a                
libhdf5_hl.dylib            
libhdf5_hl_cpp.8.dylib          
libhdf5_hl_cpp.a            
libhdf5_hl_cpp.dylib

在/ opt / local / include中我有：

hdf5.h      hdf5_hl.h

为什么配置脚本找不到hdf5库？如果需要，我很乐意提供更多信息！

编辑：我的最终目标是安装netcdf4以用作Fortran模块。我已经尝试通过MacPorts安装所有东西，它似乎工作，但当我尝试使用它时，编译器告诉我没有netcdf.mod文件，并且确定没有任何地方可以找到它。事实证明只需输入：

sudo port install netcdf-fortran

只安装库文件，但是没有创建.mod文件，我想这是必需的。所以我发现其他人有同样的问题，给出的建议是用gcc44安装它，它创建了一个.mod文件，但后来我的编译器告诉我.mod文件是用不同版本的gfortran构建的并且它无法使用，所以我试图从头开始构建它，但如果某人有更快的选择，我会非常乐意尝试它！

Answer 1

好的，我终于明白了。我用macport重新安装netcdf-fortran，然后突然出现了.mod文件，然后我遇到了问题，然而，当运行gfortran时，它会告诉我netcdf.mod是用不同版本的fortran编译的。使用。（Macports使用4.8），所以从macports获得了gcc48，并且现在正在使用gfortran-mp-4.8进行编译，它可以正常工作。

仍然不知道如何从头开始构建所有这些东西，但它现在起作用至少!!!

Answer 2

通常，当存在无法满足的下游依赖项时，我会看到这一点。由configure创建的测试程序正在查找libhdf5，但编译仍然失败，因为它无法找到类似libz或libszip的内容，具体取决于您的libhdf5的编译方式。< / p>

如果您检查config.log文件并查找错误，它可能会告诉您某些未解决的符号＆＃39;。这将给出缺少哪个库的线索。如果它链接到静态构建的libhdf5，您可能需要使用LDFLAGS添加相应的库。

如果您发布config.log文件的相关部分，我们可以帮助理清究竟出现了什么问题。

Answer 3

有时它在配置参数中不起作用

 ./configure --enable-shared --enable-fortran --enable-netcdf-4 
 CPPFLAGS=-I$home/apps2/include LDFALGS=-L$home/apps2/lib --prefix=$home/apps2

或在打开的 SHELL 中导出 CPPFLAGS=-I$home/apps2/include 时不起作用。也许您可以在 .bashrc 文件中设置环境变量 CPPFLAGS 和 LDFLAGS（在前两种方式之前）。

＆＃39;无法找到hdf5库＆＃39;安装netCDF4时

3 个答案: