从另一个csv文件中的一个csv文件中查找值，使用第三个csv文件作为映射

Question

我不太清楚如何制定这个问题，欢迎提出改进标题的建议。

我有三个文件： e_data.csv ， t_data.csv 和 e2d.csv 。我想将e_id，t_id，gene_name和value合并到一个文件中，如 desired_result.csv 所示。天真的方法如下：

1. 对于 e_data.csv 中的每一行，请摘录e_id和value。
2. 检查 e2t.csv ，其中t_id与给定的e_id对应。
3. 检查 t_data.csv 哪个gene_name对应于给定的t_id。
4. 将它们全部合并到一个文件中。

请参阅以下示例，了解我正在努力实现的目标：

e_data.csv：

   e_id  value
     1    110
     2    240
     3    370

e2t.csv：

   e_id  t_id
     1    10
     2    24
     3    32

t_data.csv：

  t_id gene_name
   10     Gene1
   24     Gene2
   32     Gene3

desired_result.csv：

  gene_name t_id e_id value
     Gene1   10    1   110
     Gene2   24    2   240
     Gene3   32    3   370

使用哪种工具或语言没有限制，但我更喜欢使用Python，因为这是我最熟悉的。 R也可以是一种选择。我已经用纯Python实现了一个解决方案，但数据集相当大，我希望像Pandas或Numpy这样的东西可以加快速度。谢谢！

Answer 1

使用read_csv加载所有csv后，只要列名一致，就可以迭代merge：

In [149]:
merged = t_data.merge(e2t.merge(e_data))
merged

Out[149]:
   t_id gene_name  e_id  value
0    10     Gene1     1    110
1    24     Gene2     2    240
2    32     Gene3     3    370

以上工作原理默认情况下会尝试合并匹配的列名并执行内部合并，因此列值必须匹配lhs和rhs。