热图上没有Color Key和Main Title(正确)(r中的热图.2)

时间:2015-09-26 16:12:59

标签: r heatmap color-key

我正在学习如何使用R和练习我正在使用来自Bioconductor的实验性ExpresionSet:http://bioconductor.org/packages/release/data/experiment/html/leukemiasEset.html

就这么简单:我的热图不显示颜色键,主标题在左侧网站上显示为切断。在网上搜索后如何解决它并没有真正找到解决方案,我已经放弃了没有颜色的关键问题。但后来我添加了标题,因为它也没有正确显示,我想也许两件事都是由于同样的原因(对我来说不为人知)......

这是我的代码:

difexp <- exprs(leukemiasEset)[c(which(adjPval < 0.01)),c(1:12, 25:36)]
heatmap.2(difexp,
      trace = "none",
      cexCol = 0.6,
      ColSideColors =     as.character(as.numeric(factor(leukemiasEset$LeukemiaType[c(1:12, 25:36)]))),
      main = "Differentially expressed genes in ALL and CLL samples",
      cex.main = 1.5,
      key = TRUE,
      keysize = 1.5,
      density.info = "histogram")

其中:

pvalues <- c()
for(i in 1:nrow(exprs(leukemiasEset))) { 
R <- t.test(exprs(leukemiasEset)[i, leukemiasEset$LeukemiaType == "ALL"],
          exprs(leukemiasEset)[i, leukemiasEset$LeukemiaType == "CLL"], 
          var.equal = TRUE) 
pvalues <- c(pvalues, R$p.value)
}
adjPval <- p.adjust(pvalues, method = "fdr")

这就是它的样子:

enter image description here

由于我是初学者,我认为对于专家来说这可能是“轻松的”......非常感谢您提前!

1 个答案:

答案 0 :(得分:0)

使用“\ n”在标题中插入换行符,并将其中的一半放在第二行。

heatmap.2(difexp,
      trace = "none",
      cexCol = 0.6,
      ColSideColors = as.character(as.numeric(factor(leukemiasEset$LeukemiaType[c(1:12, 25:36)]))),
      main = "Differentially expressed genes\nin ALL and CLL samples",
      cex.main = 1.5,
      key = TRUE,
      keysize = 1.5,
      density.info = "histogram")