更改R

Question

我使用HeatMaps.2在R中创建了热图。除了我图中的颜色键外，一切都很顺利。

我在＆＃39; control＆＃39;中绘制基因的表达值。和＆＃39; case＆＃39;条件。在最终的热图中，所有上调的基因都有Red＆＃39;在＆＃39; case＆＃39;条件和下调的基因有Green＆＃39;在＆＃39; case＆＃39;条件是完美的。但是看着颜色键，Red显示低值，绿色显示高值。

在颜色键的图例中，值范围来自20-100，颜色从＆＃39; red＆＃39;到＆＃39; green＆＃39;。我不知道如何计算价值，因为我的数据的值只来自2.0 - 13.0。这就是我的代码的样子：

 my_palette <- colorRampPalette(c("red", "green"), (n=100))

 heatmap.2(mat_data, Rowv=F, Colv=F, trace="none", dendrogram="none",     density.info="none", key=TRUE,col=my_palette,  
      notecol="black",cexRow=0.45, cexCol=0.75,
      offsetCol=0.5, symm=F,symkey=F, scale="none")

有人可以让我知道这些值是如何计算的，以及如何将这些值反转以显示＆＃39; red＆＃39;高和＆＃39; green＆＃39;价值低吗？

Answer 1

我喜欢使用ggplot。

# Package
require(ggplot)

# Sample data
mat_data = data.frame(x = rep(1:3,3), y = rep(1:3, each = 3), value = 1:9);

# Plot using ggplot
p <- ggplot(data = mat_data) +                        # Set data
  geom_tile(aes(x = x, y = y, fill = value)) +        # Define variables to plot
  scale_fill_gradient(low = "red", high = "green")    # Set colour scheme

# Display plot
p

有关更详细的示例，请参阅here。

示例输出：