是否可以将Biopython中的Tree对象转换为Newick格式？

Question

我使用了Bio.Cluster的treecluster，它产生了一个Tree对象。 我正在聚类基因表达矩阵。 如果需要，我想要一种简单的方法来遍历这个树并添加一些额外的功能（一些额外的信息，比如我想要的每个节点的p值或术语名称）。 我发现这种工作的一个很好的包是ete2，但这需要树作为Newick字符串。

是否有可以将Tree对象转换为Newick的函数，或者您是否知道比ete2更好的方法？

提前致谢， 升。

Answer 1

Bio.Cluster.Tree to newick format，例如：

  

输入文件 cyano.txt github

gene    0   15min   1hour   6hours  15hours
sll0617 0.0 -0.141164092921 -0.564656371686 -0.219393769051 -0.582969948517
slr0452 0.0 -0.124988599702 -0.499954398807 0.195680498436  0.0781478593432
slr1513 0.0 0.788547158236  0.228594792282  0.255819396258  0.304823683415
sll1471 0.0 -0.770355431265 -1.10115338201  -1.00607440632  -0.834932250086
sll1694 0.0 -0.328239937586 -2.16037133914  -1.184544471    -1.36760041273
sll0430 0.0 2.57611845993   0.920296714116  0.331897478085  0.353984672049
sll0851 0.0 -0.260488607867 -1.04195443147  -0.870951657169 -0.563146663432
sll1260 0.0 0.488375211397  1.03336768086   1.05808458732   1.10257501897
sll1031 0.0 2.22636090218   1.2737708006    1.22441048661   1.13556192142
.....

在python（view example source）

中使用treecluster

from Bio import Cluster
handle = open("cyano.txt")
record = Cluster.read(handle)
handle.close()
genetree = record.treecluster(method='s')
genetree.scale()
exptree = record.treecluster(dist='u', transpose=1)
record.save("cyano_result", genetree, exptree)

  

这将创建文件cyano_result.cdt，cyano_result.gtr和cyano_result.atr

现在，我们可以使用R和Bioconductor将atr转换为newick

安装最新版本的R，然后通过启动R并输入命令来获取最新版本的Bioconductor

#optional, for install bioconductor and ctc library
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite()
biocLite("ctc")

#code to convert atr to newick
library("ctc")
h <- xcluster2r("cyano_result.atr")
write(hc2Newick(h),file='cyano_result.newick')

在cyano_result中，我们得到：

(1:0.356996468574314,
  (2:0.0826361905178331,
    (5:0.0469498559561281,
     (3:0.513417484951725,4:0.513417484951725)
    :0.0469498559561281)
  :0.0826361905178331)
:0.356996468574314);

获得以下情节