Question

Hello StackOverflow社区，

5周前我学会了写和阅读R，这让我更开心:) Stack Overflow帮助了我一百次或更多！有一段时间我一直在与素食主义者斗争。到目前为止，我已经成功制作了漂亮的nMDS图。我的下一步是DCA，但在这里我遇到了麻烦...

让我解释一下：我有一个丰富的数据集，其中列是不同的物种（N = 120），行是横断面（460）。删除带有横断面代码的第1列。丰度在N（不相对或变换）。大多数物种很少见，非常罕见，一些物种的丰度非常高（10000-30000）。总N人数约为100000人。

当我运行decorana函数时，它会返回此信息。

    decorana(veg = DCAMVA) 

    Detrended correspondence analysis with 26 segments.
    Rescaling of axes with 4 iterations.

                    DCA1   DCA2   DCA3   DCA4
    Eigenvalues     0.7121 0.4335 0.1657 0.2038
    Decorana values 0.7509 0.4368 0.2202 0.1763
    Axis lengths    1.7012 4.0098 2.5812 3.3408

然而，特征值非常小...只有1种DCA1值为2，其余均为-1.4E-4等......这个高DCA1点有1个个体...但这是不是唯一只有1个人的物种..

                                 DCA1      DCA2      DCA3      DCA4 Totals
    almaco.jack              6.44e-04  1.85e-01  1.37e-01  3.95e-02      0
    Atlantic.trumpetfish     4.21e-05  5.05e-01 -6.89e-02  9.12e-02    104
    banded.butterflyfish    -4.62e-07  6.84e-01 -4.04e-01 -2.68e-01     32
    bar.jack                -3.41e-04  6.12e-01 -2.04e-01  5.53e-01     91
    barred.cardinalfish     -3.69e-04  2.94e+00 -1.41e+00  2.30e+00     15
    and so on

我无法在StackOverflow上绘制图片，但我们的想法是在Y轴上展开，但X值不是。导致情节中的一条线。

我猜一切都运行正常，没有错误返回等等。我真的很想知道这个聚类的原因是什么......任何人都有任何线索？这背后有一个生态学的想法吗？

任何帮助表示赞赏:) 爱埃里克

Answer 1

看起来你的数据有一个异常值＆＃34;，一个异常物种组成的异常站点。 DCA基本上选择了第一个轴将该站点与其他所有站点分开，然后DCA2反映了其余站点中的主要方差模式。（D）已知CA会因此问题受到影响（如果你想称之为），但它确实告诉你一些你的数据。这可能根本不会影响NMDS，因为metaMDS()映射了样本之间距离的等级顺序，这意味着它只需要将此样本稍微远离任何其他样本而不是下两个之间的距离最不相似的样本。

您可以停止使用（D）CA来处理这些类型的数据，并继续通过素食主义者中的metaMDS()使用NMDS。另一种方法是应用转换，例如Hellinger转换，然后使用PCA（详情参见Legendre＆amp; Gallagher 2001，Oecologia）。这种转换可以通过decostand(...., method = "hellinger")来应用，但手工操作也很简单......

DCA素食小DCA1特征值导致奇怪的情节

1 个答案: