ImageJ：打开一系列文本图像作为堆栈

Question

在ImageJ中，我可以使用文件＆gt;＆gt;导入＆gt;＆gt;图像序列...打开一系列图像（tif，png，jpg等）作为堆栈。

我可以使用文件＆gt;＆gt;导入＆gt;＆gt;文字图片...

打开文字图片（包含像素矩阵的.txt文件）

但是如何将一系列文本图像作为堆栈打开？

有些人提供了Macro这样做，但它不能很好地工作，因为它也会单独打开所有图像，如果你打开其他图像，那么这些图像被合并到堆栈中同样（尝试连续两次运行宏）。

如果有一个宏或插件将文本图像导入单个堆栈（忽略其他打开的图像）而不是调出单个图像，那将是很好的。基本上，它应该像Import＆gt;＆gt; Image Sequence一样运行。

这是当前的宏作为起点，但我不确定这是最好的起点。谢谢！

dir = getDirectory("Choose directory");
list = getFileList(dir);
run("Close All");
setBatchMode(true);
for (i=0; i<list.length; i++) {
   file = dir + list[i];
   run("Text Image... ", "open=&file");
}
run("Images to Stack", "use");
setBatchMode(false);

Answer 1

在最新的斐济运行时，您个人粘贴的宏个人工作 - run("Close All");行旨在防止意外图像被包含在您的堆栈中，而批处理模式可防止间歇性图像弹出。

事实上，如果您尝试使用非2D图像（即上一次运行的输出）运行它，则应该抱怨Images to Stack。因此，如果您在运行宏时看到此行为，则可能是一个错误 - 您是否可以提供有关您正在使用的ImageJ / OS / Java版本的更多信息？

此外，更通用的解决方案可能是Bio-Formats importer - 它有一个标志，允许您将多个文件分组到一个堆栈中。如果您不想manually install它，默认情况下会包含生物格式Fiji distribution of ImageJ

您可能还有兴趣测试ImageJ2功能，该功能旨在将全格式支持插入到现有功能中 - 例如所以这样的宏不需要根据个别格式进行定制。从理论上讲，如果你下载斐济并打开Edit>Options>ImageJ2，那么File>>Import>>Image Sequence...应该按照你想要的方式工作......但它目前还没有经过充分测试。

Answer 2

如果您想避免关闭其他打开的图像，可以使用图像到堆栈的标题包含参数：

只需重命名打开的文本图像，使其标题包含唯一的字符串。 使用Macro recorder获取相应的宏代码：

dir = getDirectory("Choose directory");
list = getFileList(dir);

setBatchMode(true);
for (i=0; i<list.length; i++) {
    file = dir + list[i];
    run("Text Image... ", "open=[" + file + "]");
    rename("myUniqueIdentifier" + file);
}
run("Images to Stack", "title=myUniqueIdentifier");
setBatchMode(false);