Question

在我们的实验室中，我们通过python包hdf5将数据存储在h5py个文件中。

在实验开始时，我们在文件中的数据数组（以及其他内容）之后创建一个hdf5文件并存储数组。当实验失败或被中断时，文件未正确关闭。因为我们的实验从iPython运行，所以对数据对象的引用仍然（在某处）存储在内存中。

有没有办法扫描所有打开的h5py数据对象并关闭它们？

Answer 1

这是怎么做的（我无法弄清楚如何在没有例外的情况下检查文件的封闭性，也许你会发现）：

import gc
for obj in gc.get_objects():   # Browse through ALL objects
    if isinstance(obj, h5py.File):   # Just HDF5 files
        try:
            obj.close()
        except:
            pass # Was already closed

另一个想法：

根据使用这些文件，使用上下文管理器和with这样的关键字怎么样？

with h5py.File("some_path.h5") as f:
   f["data1"] = some_data

当程序流退出with-block时，无论发生什么情况，文件都会关闭，包括异常等。

Answer 2

pytables（h5py使用）跟踪所有打开的文件，并提供一种简单的方法来强制关闭所有打开的hdf5文件。

import tables
tables.file._open_files.close_all()

该属性_open_files还有一些有用的方法，可为您提供有关打开文件的信息和处理程序。

Answer 3

我发现hFile。 bool （）如果打开则返回True，否则返回False。这可能是最简单的检查方法。换句话说，执行以下操作：

hFile = h5py.File(path_to_file)
if hFile.__bool__():
       hFile.close()

关闭打开的h5py数据文件

3 个答案: