我应该反复打开/关闭文件还是长时间保持打开（约1周）？

Question

我正在实施马尔可夫链蒙特卡罗反演计划的数据收集。但是，MCMC运行可能需要一周或更长时间才能完成！在运行开始时打开文件会更好：

with h5py.File('my_data.hdf5', 'r+', libver='latest') as fp:
    fp.swmr_mode = True
    mcmc_run(fp)

或每次我想添加数据集（在mcmc_run()内）

with h5py.File('my_data.hdf5', 'r+', libver='latest') as fp:
    fp.swmr_mode = True
    fp['dataset'] = new_data

对于每次接受，我必须在9个数据集上节省大约7 mb（总计500次，大约一周的计算时间，~5000次迭代）。不幸的是，数据来自迭代内部的几个不同的对象，因此我无法对它们进行分组并在每次接受时打开文件一次。

Answer 1

[发表评论作为答案]

对于花费这么长时间的跑步，你可能想要考虑如果你停电会发生什么（作为一名MC退伍军人，这是我最大的恐惧）。我建议关闭并重新打开该文件，因为它可能更安全，并且在停电，计算机崩溃等运行多天时不太可能使文件易受损坏。