Question

我一直在使用scikit-learn中的普通PCA，并且没有任何问题地获得每个主成分的方差比。

pca = sklearn.decomposition.PCA(n_components=3)
pca_transform = pca.fit_transform(feature_vec)
var_values = pca.explained_variance_ratio_

我想使用内核PCA探索不同的内核，并且还想要解释的方差比，但我现在看到它没有这个属性。有谁知道如何获得这些价值观？

kpca = sklearn.decomposition.KernelPCA(kernel=kernel, n_components=3)
kpca_transform = pca.fit_transform(feature_vec)
var_values = kpca.explained_variance_ratio_

AttributeError：＆＃39; KernelPCA＆＃39;对象没有属性＆quot; explain_variance_ratio _＆＃39;

Answer 1

我知道这个问题已经过时了，但当我意识到pca.explained_variance_只是组件的变化时，我遇到了同样的“问题”并找到了一个简单的解决方案。您可以通过执行以下操作来简单地计算解释的方差（和比率）：

kpca_transform = kpca.fit_transform(feature_vec)
explained_variance = numpy.var(kpca_transform, axis=0)
explained_variance_ratio = explained_variance / numpy.sum(explained_variance)

作为奖励，获得累积比例解释方差（通常用于选择组件和估计空间的维度）：

numpy.cumsum(explained_variance_ratio)

Answer 2

K-PCA没有explained_variance_ratio_的主要原因是因为数据/向量的内核转换生活在不同的特征空间之后。因此，不应将K-PCA解释为PCA。

Answer 3

我对此也很感兴趣所以我做了一些测试。下面是我的代码。

图表将显示kernelpca的第一个组件是数据集的更好的鉴别器。但是，当explain_variance_ratios基于@EelkeSpaak解释计算时，我们只看到50％的方差解释比例，这是没有意义的。因此，我倾向于同意@Krishna Kalyan的解释。

#get data
from sklearn.datasets import make_moons 
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt

x, y = make_moons(n_samples=100, random_state=123)
plt.scatter(x[y==0, 0], x[y==0, 1], color='red', marker='^', alpha=0.5)
plt.scatter(x[y==1, 0], x[y==1, 1], color='blue', marker='o', alpha=0.5)
plt.show()

##seeing effect of linear-pca-------
from sklearn.decomposition import PCA
pca = PCA(n_components=2)
x_pca = pca.fit_transform(x)

x_tx = x_pca
fig, ax = plt.subplots(nrows=1, ncols=2, figsize=(7,3))
ax[0].scatter(x_tx[y==0, 0], x_tx[y==0, 1], color='red', marker='^', alpha=0.5)
ax[0].scatter(x_tx[y==1, 0], x_tx[y==1, 1], color='blue', marker='o', alpha=0.5)
ax[1].scatter(x_tx[y==0, 0], np.zeros((50,1))+0.02, color='red', marker='^', alpha=0.5)
ax[1].scatter(x_tx[y==1, 0], np.zeros((50,1))-0.02, color='blue', marker='o', alpha=0.5)
ax[0].set_xlabel('PC-1')
ax[0].set_ylabel('PC-2')
ax[0].set_ylim([-0.8,0.8])
ax[1].set_ylim([-0.8,0.8])
ax[1].set_yticks([])
ax[1].set_xlabel('PC-1')
plt.show()

##seeing effect of kernelized-pca------
from sklearn.decomposition import KernelPCA
kpca = KernelPCA(n_components=2, kernel='rbf', gamma=15)
x_kpca = kpca.fit_transform(x)


x_tx = x_kpca
fig, ax = plt.subplots(nrows=1, ncols=2, figsize=(7,3))
ax[0].scatter(x_tx[y==0, 0], x_tx[y==0, 1], color='red', marker='^', alpha=0.5)
ax[0].scatter(x_tx[y==1, 0], x_tx[y==1, 1], color='blue', marker='o', alpha=0.5)
ax[1].scatter(x_tx[y==0, 0], np.zeros((50,1))+0.02, color='red', marker='^', alpha=0.5)
ax[1].scatter(x_tx[y==1, 0], np.zeros((50,1))-0.02, color='blue', marker='o', alpha=0.5)
ax[0].set_xlabel('PC-1')
ax[0].set_ylabel('PC-2')
ax[0].set_ylim([-0.8,0.8])
ax[1].set_ylim([-0.8,0.8])
ax[1].set_yticks([])
ax[1].set_xlabel('PC-1')
plt.show()

##comparing the 2 pcas-------

#get the transformer
tx_pca = pca.fit(x)
tx_kpca = kpca.fit(x)

#transform the original data
x_pca = tx_pca.transform(x)
x_kpca = tx_kpca.transform(x)

#for the transformed data, get the explained variances
expl_var_pca = np.var(x_pca, axis=0)
expl_var_kpca = np.var(x_kpca, axis=0)
print('explained variance pca: ', expl_var_pca)
print('explained variance kpca: ', expl_var_kpca)

expl_var_ratio_pca = expl_var_pca / np.sum(expl_var_pca)
expl_var_ratio_kpca = expl_var_kpca / np.sum(expl_var_kpca)

print('explained variance ratio pca: ', expl_var_ratio_pca)
print('explained variance ratio kpca: ', expl_var_ratio_kpca)

scikit-learn kernel PCA解释了方差

3 个答案: