Question

我正在编写一个小脚本，用于计算和绘制给定数据上的稀疏曲线。（如维基百科中所述：http://en.wikipedia.org/wiki/Rarefaction_%28ecology%29）但我尝试绘制值大于170 的函数我不断收到以下错误：OverflowError：（34，＆＃39;结果太大＆＃39;）

以下是包含一些数据的代码示例：

import numpy as np
import math
import matplotlib.pyplot as plt
import decimal

def pltCurve():
    data = [[367, 172, 503, 1404, 8, 83, 7, 2, 7, 1, 0, 6, 31, 0, 6, 40, 0, 18, 132, 41, 1, 2, 15, 1, 0, 10, 0, 63, 59, 3, 0, 7, 9, 9, 4, 0, 2, 0, 23, 20, 4, 0, 0, 1, 11, 55, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 4, 11, 0, 10, 6, 0, 4, 0, 443, 2, 49, 29, 0, 5, 6, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 32, 0, 1, 14, 1, 0, 1, 3, 1, 1, 0, 7, 0, 2, 32, 2, 1, 55, 0, 21, 1, 7, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 76, 5, 9, 28, 1, 0, 72, 0, 0, 0, 0, 61, 6, 5, 0, 5, 2, 0, 1, 9, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 34, 28, 1, 1, 1, 3, 3, 0, 0, 1, 0, 0, 3, 1, 3, 55, 19, 18, 87, 0, 1, 2, 6, 15, 10, 1, 2]]

    for d in range(len(data)):
        x = np.arange(1,170 , 10)
        y = computeFn(d,x)
        #plt.plot(x,y)
        plt.errorbar(x,y,yerr=0.95)

    plt.show()

def computeFn(i, n):
    N = 4467
    res = []
    r = Decimal(0)
    numOfGroups = 161
    data = [[367, 172, 503, 1404, 8, 83, 7, 2, 7, 1, 0, 6, 31, 0, 6, 40, 0, 18, 132, 41, 1, 2, 15, 1, 0, 10, 0, 63, 59, 3, 0, 7, 9, 9, 4, 0, 2, 0, 23, 20, 4, 0, 0, 1, 11, 55, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 4, 11, 0, 10, 6, 0, 4, 0, 443, 2, 49, 29, 0, 5, 6, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 32, 0, 1, 14, 1, 0, 1, 3, 1, 1, 0, 7, 0, 2, 32, 2, 1, 55, 0, 21, 1, 7, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 76, 5, 9, 28, 1, 0, 72, 0, 0, 0, 0, 61, 6, 5, 0, 5, 2, 0, 1, 9, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 34, 28, 1, 1, 1, 3, 3, 0, 0, 1, 0, 0, 3, 1, 3, 55, 19, 18, 87, 0, 1, 2, 6, 15, 10, 1, 2]]
    #print N
    for k in n:
        r = (sum((logchoose(N-N_i,k)) for N_i in data[i]))*(logchoose(N,k))**-1
        r = Decimal(numOfGroups) - r
        print r # Debug
        res.append(r)
    return res

def logchoose(ni, ki):

    """
    :rtype : N choose K Function
    """
    try:
        lgn1 = sum(math.log10(ii) for ii in range(1,ni))
        lgk1 = sum(math.log10(ii) for ii in range(1,ki))
        lgnk1 = sum(math.log10(ii) for ii in range(1,ni-ki+1))
    except ValueError:
        #print ni,ki
        raise ValueError
    #print 10**(lgn1 - (lgnk1 + lgk1))
    return Decimal((10**(lgn1 - (lgnk1 + lgk1))))


pltCurve()

我已经看过使用“十进制”＆＃39;解决这个问题的方法。模块。我玩过它但仍然出现了错误。有什么建议？问候。

编辑：以下是完全追溯：

    Traceback (most recent call last):
  File "C:\Users\user\Documents\Rarefactor\test.py", line 48, in <module>
    pltCurve()
  File "C:\Users\user\Documents\Rarefactor\test.py", line 11, in pltCurve
    y = computeFn(d,x)
  File "C:\Users\user\Documents\Rarefactor\test.py", line 26, in computeFn
    r = (sum((logchoose(N-N_i,k)) for N_i in data[i]))*(logchoose(N,k))**-1
  File "C:\Users\user\Documents\Rarefactor\test.py", line 26, in <genexpr>
    r = (sum((logchoose(N-N_i,k)) for N_i in data[i]))*(logchoose(N,k))**-1
  File "C:\Users\user\Documents\Rarefactor\test.py", line 45, in logchoose
    return (10**(lgn1 - (lgnk1 + lgk1)))
OverflowError: (34, 'Result too large')

Answer 1

您的例外来自此行：

return (10**(lgn1 - (lgnk1 + lgk1)))

您尝试使用Decimal这样修复它：

return Decimal(10**(lgn1 - (lgnk1 + lgk1)))

但这不会有帮助。由于lgn1，lgnk1和lgk1的值为float，因此您尝试使用float值进行算术运算，然后转换结果完成后Decimal。因为float算术溢出，所以它永远不会转换。

您需要做的是首先在Decimal值上进行算术运算。例如：

lgn1 = Decimal(sum(math.log10(ii) for ii in range(1,ni)))
lgk1 = Decimal(sum(math.log10(ii) for ii in range(1,ki)))
lgnk1 = Decimal(sum(math.log10(ii) for ii in range(1,ni-ki+1)))

现在，当你这样做时：

return (10**(lgn1 - (lgnk1 + lgk1)))

...您已获得Decimal算术，而不是float，并且它不会溢出（只要您的Decimal上下文对这些数字足够大，当然）。

但是你可能希望尽可能地将Decimal推到尽可能高的链上。在这种情况下，整数上只有一个级别向上调用math.log10会为您提供float，但在log10上调用Decimal方法会为您提供一个Decimal，所以：

lgn1 = sum(Decimal(ii).log10() for ii in range(1, ni))

同时，供将来参考：

除了删除绘图线之外，我不知道如何进一步减少此代码。

那么，首先，为什么不删除那些绘图线？

但是，更重要的是，你知道异常发生在logchoose函数的最后一行，你知道（或者可以知道，例如，添加print ni, ki或运行调试器）什么参数导致它引发。所以你可以将整个事情减少到logchoose定义加上print logchoose(273, 114)（或者无论参数是什么）。

除了缩短之外，这也完全取消了numpy和matplotlib，因此对这些库一无所知但对Python有很多了解的人（绝大多数，包括比我聪明的人，dbliss和Nimrodshn，或者至少比我更聪明）可以解决你的问题。

Python中的OverflowError：（34，'结果太大'）

1 个答案: