在R Studio中呈现HTML rmarkdown时,ggplot关联热图会中断

时间:2015-04-09 17:39:27

标签: r ggplot2 rstudio heatmap r-markdown

我正在尝试使用ggplot将相关热图添加到HTML R降价报告中。下面的示例代码在我的R Studio控制台中运行,但在编织HTML时会中断。

错误含糊不清,我不确定调试的最佳方法是什么。

HTML编织错误消息:

  

存在错误(name,envir = env,mode = mode):参数“env”是   缺少,没有默认

     

通话:... ggplot_build - > scales_add_missing - >   find_global - >存在

当他们试图编织下面的代码时,是否有其他人得到相同的错误?

library(reshape2)
library(psych)
library(ggplot2)

set.seed(1)
a <- sample(c(0,1),20,rep=T)
b <- sample(50:100,20,rep=T)
df <- cbind(a,b)

corr.out <- corr.test(df, adjust = "none", use="complete")

# the stats heatmap function displays fine in R Markdown
heatmap(corr.out$r)

# this ggplot attempt breaks for some reason
dfm <- melt(corr.out$r)

ggplot(data=dfm, aes(dfm$X1, dfm$X2, fill=dfm$value)) + 
      geom_tile() + 
      xlab(NULL) + ylab(NULL) + ggtitle("Correlation coefficients Heatmap") +
      theme(legend.position="bottom")

# i call "dfm$X1" in aes() because i get the error "Object X1 not found" 
# when i only specify "X1"

R版本3.1.1(2014-07-10)
平台:x86_64-apple-darwin13.1.0

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