在rmarkdown中打印heatmap.2对象时的空输出

时间:2016-05-05 05:21:00

标签: r heatmap r-markdown gplots

我通过rmarkdown使用R-Studio并希望通过heatmap绘制heatmap.2。当我通过strCol选项更改列标签的角度时,我会在输出PDF文件中NULL之前打印一条heatmap消息。
附上一个最小的代码重现问题:

{r, message=FALSE,warning=FALSE, echo=FALSE}
require(gplots)
data(mtcars)
x  <- as.matrix(mtcars)
heatmap.2(x,srtCol=0)  

PDF看起来像

enter image description here

有没有办法从PDF输出中删除此NULL

1 个答案:

答案 0 :(得分:1)

使用capture.output尝试以下修改。这不会为我打印NULL

```{r, message=FALSE,warning=FALSE, echo=FALSE}
require(gplots)
data(mtcars)
x  <- as.matrix(mtcars)
res <- capture.output(heatmap.2(x,srtCol=0))
```

对于heatmap.2的某些选项可能有更好的方法,但我没有在文档中看到它。这是基于以下SO帖子Suppress one command's output in R