如何使用heatmap.3包在R中绘制热图

Question

我已经看到一些使用标准heatmap和heatmap.2包在R中绘制热图的来源，但我还没有看到使用新{{1}的示例包。我能找到的唯一来源是https://www.biostars.org/p/18211/。但是，即使在这里，作者也会创建自己的heatmap.3包，而不是来自CRAN http://cran.r-project.org/web/packages/GMD/GMD.pdf的标准heatmap.3包。我试图弄清楚如何使用CRAN文档中的heatmap.3制作热图，但我甚至不知道从哪里开始。我立即迷失了所有50多个选项。谁能让我开始？

我的制表符分隔输入文件如下所示：

heatmap.3

Answer 1

请参阅下面的数据使用热图3的基本示例（对于更好的绘图，需要编辑轴等）。关键步骤是创建一个带有rownames的矩阵。我将data.frame转换为矩阵，因为这是在GMD手册中提供的示例中完成的，但它也适用于data.frames。

library(GMD)

dat<-data.frame(EntryA=as.numeric(c(48,88,33)), EntryB=as.numeric(c(31,11,66)), EntryC=as.numeric(c(57,89,42)), EntryD=as.numeric(c(55,78,54)))

rownames(dat)=c("John","Mary","Sarah") 

ndat<-as.matrix(dat)

heatmap.3(ndat, Rowv=FALSE, Colv=FALSE)