Question

我正在尝试创建一个包但是当我运行document()时它打印NAMESPACE not generated by roxygen2. Skipped.我试图在我的函数中使用ggplot2,XML, R6个包。我按以下方式导入它们：

#' @rdname visualization
#' @param hist_data A table of weather variables with PWS created by hist_data function
#' @param variable A character string of variable name
#' @examples
#' table <- getWeather(city = "San Francisco", state="CA")
#' please <- getConditionsTable(table, "2015-03-09")
#' tab <- hist_data(table, please)
#' head(tab)
#' plot_variable_across_all_pws(hist_data=tab, variable="tempi")
#' @import ggplot2
#' @import XML
#' @import R6

我想知道可能导致此错误的原因是Namespace除exportPattern("^[^\\.]")

外没有任何内容

另外，我正在查看Hadley撰写的R包书http://r-pkgs.had.co.nz/namespace.html 并被这条线弄糊涂了：

＆＃34;请注意，您可以选择使用roxygen2生成NAMESPACE，只需生成man / *。Rd或两者。如果您不使用任何与命名空间相关的标记，则roxygen2将不会触及NAMESPACE。如果你不使用任何与文档相关的标签，roxygen2将不会触及man /."

这是我做错了吗？或遗失？

Answer 1

备份NAMESPACE文件，如果您将来需要它
删除NAMESPACE文件
运行devtools::document()，以便roxygen2将在包源目录中生成新的NAMESPACE文件

***确保您在R源文件的roxygen2 doc部分中有@export标记。

Answer 2

我认为devtools试图避免覆盖它本身没有生成的DESCRIPTION和NAMESPACE文件（如果你自己仔细地输入它们，而不是在你的r代码中使用嵌入式roxygen注释，就要避免焦虑）。它并不总是可行，但它会尝试。

据我所知，主要机制是在生成文件时在文件顶部发布注释，然后再查找该注释（边缘有棘手的位，例如，你使用@include来创建描述文件中的整理顺序，但我不认为这是你的问题。）

此类评论的一个例子是

# Generated by roxygen2 (4.1.0.9001): do not edit by hand

not generated by ...消息提醒您，并告知您devtools不会使用roxygen2为您制作NAMESPACE文件。您可能有一个没有评论的提及，因为您使用RStudio来启动您的包，而不是devtools::create()？

如果您只删除NAMESPACE文件，我认为devtools::document()将适合您。

BTW您在上面的示例代码中有拼写错误（您有#' @import ggplo2而不是#' @import ggplot2）

Answer 3

也可以简单地删除NAMESPACE中的所有内容并添加一行：exportPattern("^[[:alpha:]]+")

如果手动更改了文件NAMESPACE，devtools::document()将无法覆盖此文件，这就是它之前离开的原因。当您从NAMESPACE文件中删除文本并插入此行时，devtools::document()认为该文件是新文件并覆盖它。

Answer 4

前面的例子都不适合我。如果我删除了NAMESPACE文件，则roxygen抱怨没有NAMESPACE。如果我删除并重新创建了一个NAMESPACE文件（带有触摸，例如RStudio: Building package with roxygen2. Not producing NAMESPACE file），那么roxygen抱怨该文件不是用roxygen创建的。

解决方案是从另一个使用roxygen创建的项目中复制NAMESPACE个文件。

NAMESPACE不是由roxygen2生成的。跳过。 - 与哈德利书混淆

4 个答案: