我有一个在ubuntu 12.04下成功构建并且没有警告的软件包。该封装是纯R，具有大约70个功能（大约2000个LOC）。当我尝试在Rstudio中的Windows 7下构建时，包构建成功（没有警告），但NAMESPACE仅包含十几个函数的export（）。第一次发生在我身上，可能是因为我很少使用Windows。这发生在3.1和最新版本的Rstudio和roxygen2下。它发生在你们中间吗？可能是什么原因造成的？
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我不知道它是否与你的问题有关（我希望从那以后它已经解决了......），但我遇到了类似的问题，结果却是因为与我笨拙的命名约定的不良交互。
通常，我编写了名为plot.XXX()的函数，其中XXX描述了应该绘制的内容。 Roxygen将它们解释为S3对象系统的通用函数定义。 XXX被认为是具有plot()函数的（非导出）类，并相应地编写了NAMESPACE文件，当然，这不是我所期望的。我认为同样会发生str.XXX()，summary.XXX()等，或者XXX.data.frame()等等。我没有这些，但如果确实如此，那就有意义了。
为了解决这个问题，我只是用功能名称中的下划线替换了我的点......并发现了S3 / S4 / S5的新世界！