Question

我的项目中有一个文件：import_packages.r，包含以下内容：

#' @import reshape2
#' @import ggplot2
#' @import DESeq2
#' @import geneplotter
#' @import survcomp
#' @import gplots
#' @import pheatmap
#' @import RColorBrewer

当我执行devtools:document()时，这些包未显示在NAMESPACE文件中，并且实际上并未导入它们。我做错了吗？

Answer 1

如果您的文件只包含您提供的行，则roxygen2会忽略它。您应该在仅包含NULL的roxygen代码之后添加一行。所以以下内容应该有效：

#' @import reshape2 ggplot2 DESeq2 geneplotter
#' @import survcomp gplots pheatmap RColorBrewer
NULL

我还减少了向您展示的行数，通过一次使用@import可以导入多个包。但是对于roxygen而言，分配包裹的线数并不重要。

我认为原因是roxygen部分必须与某个R对象相关联。例如，函数的文档与相应的函数对象相关联。由于您不希望将导入与函数关联，因此您可以将它们与NULL相关联，::也是一个R对象。

正如hadley正确指出的那样，不建议完全导入那么多包，因为最终可能会出现名称冲突。以下两种选择通常更好：

带有显式包名称和reshape2::melt()运算符的引用函数：@importFrom这样可以让您立即看到函数来自哪个包。

使用#' @importFrom reshape2 melt cast

仅从包中导入所需的功能

<xsl:template name="SUBREPORT_FIELDS" >
  <xsl:for-each select="current()/section/@name">
    <xsl:choose>
      <xsl:when test="current()/section/@name = $pSectionName">
        <xsl:call-template name="FieldSezione"/>
        <xsl:call-template name="FIELDS"/>
      </xsl:when>
      <xsl:otherwise>
        <xsl:call-template name="SUBREPORT_FIELDS"/>
      </xsl:otherwise>
    </xsl:choose>
  </xsl:for-each>
</xsl:template>

您可以找到更多信息here。

R：roxygen2，导入的包不会出现在命名空间中

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