SNPRelate：如何在PCA图中为人群提供特定颜色

Question

我正在使用SNPRelate进行PCA分析。它使用默认颜色为不同的人群，但我想根据我的颜色。绘图命令如下：

  

plot（tab $ EV2，tab $ EV1，col = as.integer（tab $ pop），cex = 1.2，pch = 20，   + xlab =“eigenvector 2”，ylab =“eigenvector 1”）   legend（“topleft”，legend = levels（tab $ pop），cex = 1，pch = 20，col = 1：nlevels（tab $ pop））

输入文件的头部是这样的：

sample.id pop EV1 EV2 1 A1 POP_I -0.10172849 0.03619405 2 A2 POP_I -0.15951814 0.08234857 3 A3 POP_I -0.15632495 0.08180843 4 A4 POP_I -0.09679447 0.07981108 5 A5 POP_I 0.11362360 -0.03186038 6 A6 POP_I 0.05594095 -0.05498351

Answer 1

定义颜色列表：

  

col.list＆lt; - c（“灰色”，“蓝色”，“绿色”，“红色”，“蓝色”，“黄色”，......）

     

plot（tab $ EV2，tab $ EV1，col = col.list [as.integer（tab $ pop）]，cex = 1.2，pch = 20，xlab =“eigenvector 2”，ylab =“eigenvector 1” ）

     

图例（“topleft”，图例=级别（标签$ pop），cex = 1，pch = 20，col = 1：nlevels（tab $ pop））