Question

我在R中处理一个大的稀疏矩阵（10k x 10k方差/协方差矩阵，所以对称和正定）。我需要一种快速的方法来找到该矩阵的Cholesky分解。我知道使用RcppEigen包中的SparseLU可以解决方案，但我无法弄清楚它是如何工作的。

在下一个脚本中，我将函数的示例放在R中。它加载了一个SparseMatrix SS，我需要对其进行Cholesky分解。我希望得到与chol（SS）相同的输出，具有典型的R函数chol。

cholScript<-'using Eigen::Map; 
using Eigen::SparseMatrix;

const SparseMatrix<double> Sigma(as<SparseMatrix<double> >(Sigma));
using namespace Rcpp;

// compute C, the Cholesky decomposition of Sigma

return wrap(C);'

cxxfunction(signature(Sigma = "dgCMatrix"), cholScript, plugin = "RcppEigen")

非常感谢。

Answer 1

我认为这可以解决问题：

CholeskyCppSparse<-'using Eigen::Map; 
using Eigen::SparseMatrix;
using Eigen::LLT;
const SparseMatrix<double> SS(as<SparseMatrix<double> >(Sigma));

typedef Eigen::SimplicialLLT<SparseMatrix<double> > SpChol;

const SpChol Ch(SS);
return wrap(Ch.matrixL());'

CholSparse <- cxxfunction(signature(Sigma = "dgCMatrix"), CholeskyCppSparse, plugin = "RcppEigen")

如果想要分解的上三角形部分，则更改矩阵的矩阵L（与R中的chol（）函数一样。）

稀疏矩阵Cholesky分解Rcpp Eigen

1 个答案: