使用readGAlignments（）将循环读取映射（BAM）读入R

Question

我正在尝试使用ggbio包在R中创建循环基因组图谱。我是ggbio和GenomicAlignments和GenomicRanges等相关软件包的新手。

我将读取映射导出为BAM文件（带有关联的索引文件），并尝试使用readGAlignmentsFromBam（）读取文件。

    myreads <- readGAlignmentsFromBam("final.assembly", index = "final.assembly", use.names = TRUE)

但我总是得到

警告讯息： 在GenomicRanges ::: valid.GenomicRanges.seqinfo（x）： GAlignments对象包含位于序列上的12006个越界范围 共识。注意，只有位于非圆形序列上的范围 长度不是NA可以被认为是越界（使用seqlengths（）和 isCircular（）获取底层的长度和圆形标志 序列）。

哪个有意义 - 它是一个圆形染色体，所以有些读数将在“线性”参考序列之外。问题是，我该如何解决？我试图添加isCircular = c（TRUE）作为参数，但这没有帮助。似乎某处有一个标志（在B代码文件中？在R代码中？）应该设置哪个不是，但我无法弄清楚在哪里。

抱歉没有可重复的示例，但这是一个巨大的BAM文件，我对文件类型不够熟悉，无法模拟数据。