在png或pdf中可视化scikit-learn / sklearn多输出决策树回归

Question

这是我在stackoverflow上发布的第一个问题所以我为布局中的任何不幸事件道歉等等（建议欢迎）。非常感谢您的帮助！

我正在尝试使用pydot以png或pdf格式显示具有多个输出的DecisionTreeRegressor的输出（如http://scikit-learn.org/stable/auto_examples/tree/plot_tree_regression_multioutput.html#example-tree-plot-tree-regression-multioutput-py中所述）。

我试过的代码看起来像这样：

...
dtreg = tree.DecisionTreeRegressor(max_depth=3)
dtreg.fit(x,y)

tree.export_graphviz(dtreg, out_file='tree.dot') #print dotfile

dot_data = StringIO()
tree.export_graphviz(dtreg, out_file=dot_data)
print dot_data.getvalue()
pydot.graph_from_dot_data(dot_data.getvalue()).write_pdf("pydot_try.pdf") 

编写pdf会出现以下错误：

  

pydot.InvocationException：程序终止，状态为：1。stderr   如下：警告：/ tmp / tmpAy7d59：7：字符串超过行尾错误：   / tmp / tmpAy7d59：8：第8行上下文附近的语法错误：＆gt;＆gt;＆gt; [＆lt;＆lt;   0.20938667]警告：/ tmp / tmpAy7d59：18：字符串跑过行尾警告：/ tmp / tmpAy7d59：20：字符串跑过行尾

依此类推更多“字符串已超越行尾”错误。

我之前从未使用.dot，但我怀疑多输出格式可能存在问题。例如，树的一部分如下所示：

digraph Tree {
0 [label="X[0] <= 56.0000\nmse = 0.0149315126135\nsamples = 41", shape="box"] ;
1 [label="X[0] <= 40.0000\nmse = 0.0137536911947\nsamples = 25", shape="box"] ;
0 -> 1 ;
2 [label="X[0] <= 24.0000\nmse = 0.0152142545276\nsamples = 21", shape="box"] ;
1 -> 2 ;
3 [label="mse = 0.0140\nsamples = 15\nvalue = [[ 0.83384667]
 [ 0.20938667]
 [ 0.08511333]
 [ 0.04234667]
 [ 0.08158   ]
 [ 0.17948667]
 [ 0.03616   ]
 [ 0.00995333]
 [ 0.99529333]
 [ 0.13715333]
 [ 0.10294667]
 [ 0.06632667]]", shape="box"] ;
2 -> 3 ;
4 [label="mse = 0.0170\nsamples = 6\nvalue = [[ 0.69588333]
 [ 0.20275   ]
 [ 0.0953    ]
 [ 0.0436    ]
 [ 0.1216    ]
 [ 0.17248333]
 [ 0.04393333]
 [ 0.01178333]
 [ 0.99913333]
 [ 0.12348333]
 [ 0.10838333]
 [ 0.06973333]]", shape="box"] ;
2 -> 4 ;
}

我不知道如何解决这个问题，因为这只是我从DecisionTreeRegressor获得的输出。

我也试过转换点文件：

dot -Tpng tree.dot -o tree.png

但这会产生相同的错误（字符串超过行尾） 我也尝试使用xdot可视化tree.dot，这也给出了同样的错误。

Answer 1

按照以下说明查看决策树。

•使用sklearn，我们可以以点格式导出树。 “点”格式文件是文本文件。

•'Dot'文件可以使用'graphviz'实用程序

转换为图像文件

•从网站下载“graphviz.msi” - http://www.graphviz.org/Download_windows.php

•确保将'\ graphviz \ bin'添加到环境变量中的'path'。

可以使用sklearn模块借助以下命令

提取“点”文件

from sklearn import tree
tree.export_graphviz(clf,out_file='tree.dot')

在命令提示符中执行以下命令将“.dot”文件转换为“.png”文件。

 dot -Tpng tree.dot -o tree.png

Answer 2

错误消息似乎告诉您多行字符串（标签）存在问题。如here所示，要在dot中指定多行标签，您可以使用\n，或者如DOT language documentation中所述：

  

作为可读性的另一个辅助点，dot允许使用双引号字符串   使用a的标准C约定跨越多个物理线   紧接在换行符之前的反斜杠。

那就是说，当我尝试在Graphviz版本dot上使用2.39.20141007.0445生成你的情节时，它的效果非常好：

我无法找到格式更改的参考，但是安装Graphviz的最新版本可能值得再次尝试。