R，群集，热图和从集群获取信息

Question

我最近开始使用R来聚类我的数据。我的目的是使用相关树形图的热图，并在热图上通过正方形识别聚类。 到目前为止，我在hclust包中尝试了gplots，我可以使用下面的代码在树形图上绘制矩形：

a <-read.table ("test.txt", header = TRUE)
b <- as.dist(a)
dend <- hclust(b, method = "complete")
plot(dend)
groups <- cutree(dend, k=3)
rect.hclust(dend, k=3, border = "green")

我的test.txt文件如下所示：

      a     b     c     d     e     f
a     1   0.1   0.9   0.5  0.65   0.9
b   0.1     1  0.39  0.83  0.47  0.63
c   0.9  0.39     1  0.42  0.56  0.84
d   0.5  0.83  0.42     1  0.95  0.43
e  0.65  0.47  0.56  0.95     1  0.14
f   0.9  0.63  0.84  0.43  0.14     1

我尝试了这个代码，用于获取树形图和相关的簇。  

我真正想要的是与热图有类似的东西。我希望热像图在聚类周围有方块，而不同聚类的成员列表。热图应如下所示：

当我处理大数据（5200 x 700矩阵）时，我需要一种方法来保存每个群集的成员列表。 我还尝试了pheatmap包中的pheatmap，但我不确定群集，我不能在群集周围使用矩形。

我非常乐意欢迎您提出建议和意见。

Answer 1

你正在寻找这样的东西吗？我手工创建了这个矩形，你可能正在寻找R这样做，以及上面的三个集群。

data <- read.table(file = "clipboard") # copied your test.txt file from above
data.m <- melt(data)
ggplot(data.m, aes(x=variable, y=value, fill=value)) + geom_tile() + 
  scale_fill_gradient(low="red", high="green") +
  annotate("rect", xmin = min(as.integer(data.m$variable)), xmax = max(as.integer(data.m$variable)),
           ymin = .01, ymax = .2, fill = "transparent", col="black", lwd=2)