我正在使用R heatmap函数进行层次聚类（http://www.inside-r.org/r-doc/stats/heatmap）。是否有一个函数接受heatmap返回的对象，并通过对树形图应用阈值alpha来返回您获得的聚类？功能如：
h <- heatmap(...)
clusters <- get_clusters(h, alpha=0.5)
其中clusters是一个与输入数据帧的列数相同的数组，并为每个条目返回0到n-1之间的数字，其中n是列数（将列分配给簇）。这是否存在于R？
答案 0 :(得分：3)
您正在寻找keep.dendro函数的heatmap参数。然后将树形图存储在输出的Rowv和Colv元素中。
x = matrix( rnorm(25), ncol=5 )
h = heatmap(x,keep.dendro=TRUE)
接下来，使用dendrogram函数将hclust对象转换为as.hclust对象。然后，如评论中所述，您可以使用cutree来获取群集。
row.clusters = as.hclust( h$Rowv )
cutree(row.clusters,k=3) # break into k=3 clusters
当然，你可以通过
来获得row.clusters
row.clusters = hclust(dist(x))