R中的heatmap
函数应该帮助人类解释矩阵元素的相对值。然而,似乎不能在给定的图中一致地着色细胞,这是正确解释相对值的严重障碍。
例如,让我们通过连接正常随机变量列来生成一些数据:
foo <- cbind(replicate(10,rnorm(10)))
现在,如果我们关联foo的列,我们可以验证我们在对角线条目中得到1,因为任何列与自身的相关性都是1:
cor.matrix <- cor(foo)
但是当我们策划:
heatmap(cor.matrix,Rowv=NA,Colv=NA)
(我们在这里抑制树形图的修改,虽然这看起来并不重要)
对角线单元格未均匀着色,如您所见:
有人能解释一下这里发生了什么吗?
答案 0 :(得分:7)
默认情况下,热图按“行”缩放。
heatmap(cor.matrix,Rowv=NA,Colv=NA, scale="none")