Question

我很难投射玩具二分网络。

from igraph import *
def create_bipartite(n1, n2, directed=False):
    g = Graph(n1+n2, directed=True)
    g.vs["type"] = 0
    g.vs[n2:]["type"] = 1
    return g
gb=create_bipartite(4,3)
gb.add_edges([(0,1),(0,2),(3,4),(0,4),(0,5),(3,6)])



> In [358]: gb.is_bipartite()
Out[358]: True

In [359]: gb.bipartite_projection()
---------------------------------------------------------------------------
InternalError                             Traceback (most recent call last)
<ipython-input-359-a7b9927dc7bb> in <module>()
----> 1 gb.bipartite_projection()

/usr/lib/python2.7/dist-packages/igraph/__init__.pyc in bipartite_projection(self, types, multiplicity, *args, **kwds)
   2530         superclass_meth = super(Graph, self).bipartite_projection
   2531         if multiplicity:
-> 2532             g1, g2, w1, w2 = superclass_meth(types, True, *args, **kwds)
   2533             g1.es["weight"] = w1
   2534             g2.es["weight"] = w2

InternalError: Error at structure_generators.c:84: Invalid (negative) vertex id, Invalid vertex id

In [360]:

我得到的错误是尝试投射到任一节点：那是什么意思？负顶点？任何想法如何解决这个问题？

Answer 1

较新版本的igraph提供了更丰富的错误信息（实际上，我不确定这种变化是否已经发布 - 我生活在最前沿）：

InternalError: Error at ../../src/bipartite.c:198: Non-bipartite edge found in
bipartite projection, Invalid value

（您可能会对g.is_bipartite()返回True的原因感到惊讶 - 原因是g.is_bipartite()仅检查图表是否具有名为type的顶点属性。

问题是您的类型向量如下所示：

>>> gb.vs["type"]
[0, 0, 0, 1, 1, 1, 1]

由于顶点3和4之间有一条边，两边都是1型，因此该图不是二分图。我强烈怀疑实际的错误是create_bipartite，你想写这个：

g.vs[n1:]["type"] = 1

而不是：

g.vs[n2:]["type"] = 1

难以用igraph投射二分网络

1 个答案: