R中的igraph:将二分图转换为单模式联属网络

时间:2014-12-01 03:57:28

标签: r igraph

以下是我在Rstudio中使用igraph为恐怖主义肇事者及其目标的双边网络创建的玩具数据集。以下规范适用于两种类型顶点之间的有向二分关系:

set.seed(1234)

 df <- data.frame(
     perpetrator <- c(
         'Armed Islamic Group (GIA)',
         'Armed Islamic Group (GIA)',
         'Algerian Islamic Extremists',
         'Islamic Salvation Front (FIS)',
         'Unindentified Activists',
         'Armed Islamic Group (GIA)',
         'Armata di Liberazione Naziunale (ALN)',
         'Armed Islamic Group (GIA)',
         'Islamist Extremists',
         'Muslim Fundamentalists'),
      target <- c(
         'Unnamed Civilians',
         'Unnamed Civilians',
         'Unnamed Civilians',
         'Government Buildings',
         'Police Station',
         'Soldiers',
         'Terrorist Group',
         'Unnamed Civilians',
         'Police Patrol',
         'Police Patrol'),
      stringsAsFactors = TRUE)

net <- graph.edgelist(as.matrix(df))

V(net)$type <- bipartite.mapping(net)$type

proj_net <- bipartite.projection(net)

plot(net, 
 main = "Bipartite Projection of Algerian Terror Network",
 layout=-layout.bipartite(net)[,2:1])

我的问题:我如何将其转换为单模式(单一模式)联盟网络,其中顶点是恐怖主义肇事者,边缘是肇事者之间的共同目标?我的预感告诉我必须矩阵乘法并绘制邻接矩阵,但是我在这个论坛中的一些示例脚本之后没有成功。我意识到在这个玩具示例中,我将有一些隔离区和一些二元组,但是一旦我掌握了机制,我想将这个转换过程扩展到更大的数据集

其次,对于单模式规范,中心性,密度和传递性等描述性度量与其他非部分图形相同,或者二分网络中的描述性干扰是否需要不同的网络结构度量?

2 个答案:

答案 0 :(得分:5)

你还没有吗?

df  <- data.frame(perpetrator=c("A","A","B","C","D","A","E","A","F","G"),
                  target     =c("a","a","a","b","c","d","e","a","f","f"))
net <- graph.edgelist(as.matrix(df))
V(net)$type <- bipartite.mapping(net)$type
par(mfrow=c(1,2),mar=c(0,1,1,1))
plot(net, main="Full Network",edge.arrow.size=0.5)
plot(bipartite.projection(net)$proj1,main="Affilitaton Network")

bipartite.projection(...)返回两个名为$proj1$proj2的图表的列表,这两个图表具有联属网络。因此,在这种情况下,AB通过a连接,FG通过f连接。

答案 1 :(得分:1)

解决第二个问题:

  

其次,对于单模式规范,中心性,密度和传递性等描述性度量与其他非部分图形相同,或者二分网络中的描述性干扰是否需要不同的网络结构度量?

这不是一个编程,而是一个统计问题。部分答案在于您的研究问题。例如,参见Bonacich等1998年关于群体大小与中心性度量相关性的讨论。我想请你参考以下论文开始:

Latapy,Matthieu,ClémenceMagnien和Nathalie Del Vecchio。 “分析大型双模网络的基本概念。” Social Networks 30.1(2008):31-48。

浮士德,凯瑟琳。 “联盟网络的中心地位。”社交网络19.2(1997):157-191。

Bonacich,Phillip,Amalya Oliver和Tom AB Snijders。 “控制中心分数的大小。”社交网络20.2(1998):135-141。