我正在创建一个邻接矩阵，用于在R中进行空间分析。数据是美国大陆的所有县。我有来自美国人口普查Tiger文件的县空间多边形。
我能够创建邻居列表，它是对称的。但是当我将其转换为邻接矩阵时，它不是对称的。这是一个问题，因为我的目标是使用ngspatial::autologistic运行空间自动模型，并且我得到一个错误，我必须提供对称的二元邻接矩阵。
这是我创建邻接矩阵的R代码：
us<-readShapeSpatial("County_2010Census_DP1.shp")
#Trim out counties outside of continental US
us2<-us[!substr(us$GEOID10,1,2)%in%c('02','60','66','78','15','72'),]
us2.nb = poly2nb(us2)
is.symmetric.nb(us2.nb) #Comes out true
us2.adj = nb2mat(us2.nb, style="B",zero.policy=F)
isSymmetric(us2.adj) #comes out false
顺便说一句，我可以使用splogit这个邻接矩阵而没有问题。我不是空间分析专家，所以我不能说我知道这些命令中发生了什么。
答案 0 :(得分：2)
矩阵us2.adj是对称的。问题在于测试。事实证明
isSymmetric(us2.adj)
使用all.equal(...)来测试矩阵与它的转置是否相等，all.equal(...)检查属性和值。 nb2mat(...)创建一个矩阵，其行名称设置为多边形ID，列名称未设置。因此all.equal(...)会返回FALSE，因此isSymmetric(...)也会如此。显然，autologistic(...)函数使用相同的测试。
us2.adj <- nb2mat(us2.nb, style="B",zero.policy=F)
isSymmetric(us2.adj)
# [1] FALSE
isSymmetric(us2.adj,check.attributes=FALSE)
# [1] TRUE
简单的解决方案是将列名设置为行名，或将行名设置为NULL。
x <- us2.adj
colnames(x) <- rownames(x)
isSymmetric(x)
# [1] TRUE
y <- us2.adj
rownames(y) <- NULL
isSymmetric(y)
# [1] TRUE