使用GEO数据集创建对数强度的标准化直方图

Question

我正在尝试创建标准化GEO微阵列数据集的密度/对数强度直方图。我尝试过几种不同的方法，但遗憾的是我几乎没有运气。

在数据集“标准化”后创建直方图的最佳（最简单？）方法是什么？

我目前正在关注这些代码：

# download the BioC installation routines
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
# install the core packages
biocLite()
# install the GEO libraries
biocLite("GEOquery")
library(GEOquery)
getGEOSuppFiles("GSE20986")
untar("GSE20986/GSE20986_RAW.tar", exdir="data")
cels <- list.files("data/", pattern = "[gz]")
sapply(paste("data", cels, sep="/"), gunzip)
cels
library(simpleaffy)
celfiles<-read.affy(covdesc="phenodata.txt", path="data")
celfiles
celfiles.gcrma<-gcrma(celfiles)
celfiles.gcrma

但是，当我到达gcrma（celfiles）行时，我最终会收到以下警告：

Computing affinities.
Error in matrix(NA, nrow = max(cbind(pmIndex, mmIndex)), ncol = 1) : 
  invalid 'nrow' value (too large or NA)