Question

我一直试图并行化我的一个Rcpp例程。在这样做的过程中，我一直在尝试遵循jjalaire的Parallel Distance Calculation示例。不幸的是，一旦我编写完所有内容并开始玩游戏，我的R会话就会崩溃。有时在第一次执行后，有时在第三次执行后。老实说，当我运行例行程序时，R会崩溃，这是一个废话。所以，我已经将我的代码与一个可重复的小例子配对。

Rcpp文件（mytest.cpp）

#include <Rcpp.h>
// [[Rcpp::depends(RcppParallel)]]
#include <RcppParallel.h>

using namespace std;
using namespace Rcpp;
using namespace RcppParallel;

struct MyThing : public Worker {
  RVector<double> _pc;
  RVector<double> _pcsd;

  MyThing(Rcpp::NumericVector _pc, Rcpp::NumericVector _pcsd) : _pc(_pc), _pcsd(_pcsd){}

  void operator()(std::size_t begin, std::size_t end) {

    for(int j = begin; j <= end; j++) {      
      _pc[j] = 1;
//      _pcsd[j] = 1;
    }
  }    
};

// [[Rcpp::export]]
void calculateMyThingParallel() {

  NumericVector _pc(100);
  NumericVector _pcsd(100);

  MyThing mt(_pc, _pcsd);

  parallelFor(0, 100, mt);
}

R编译和执行脚本（mytest.R）

library(Rcpp)
library(inline)

sourceCpp('mytest.cpp')

testmything = function() {
  calculateMyThingParallel()
}

if(TRUE) {
  for(i in 1:20) {
    testmything()
  }
}

该错误似乎与我在operator()方法中设置_pc和_pcsd变量直接相关。如果我把那些东西大大提高了。基于并行距离计算示例，我不确定我在这里做错了什么。我的印象是RVector是线程安全的。虽然这是我的印象，但我知道这是线程的问题。任何人都可以帮助我理解为什么上面的代码会随机崩溃我的R会话吗？

有关信息，我正在运行以下内容：

Windows 7
R：3.1.2
Rtools：3.1
Rcpp：0.11.3
内联：0.3.13
RStudio：0.99.62

Answer 1

在rcpp-devel列表上交叉发布此问题后，用户回复并告知我，j方法中的operator()循环应介于begin <= j < end之间而不是begin <= j <= end之间{1}}这就是我所拥有的。

我做了那个改变并且肯定是努力的，现在一切似乎都在起作用。

似乎过度扩展到达已分配的内存空间仍会导致意外后果......

RCpp并行编程错误崩溃R.

1 个答案: