R中GLM(或LME4)的多个二项式相关变量

时间:2014-11-20 15:34:38

标签: glm

大家。我对R来说很陌生。我一直在努力教育自己这个问题,但我还是继续遇到障碍。

我的数据集有两个分类的独立变量(栖息地(1,2,3)和位点(1,2,3,4,5)。我的反应变量是AFLP基因座的存在与否.I有96个基因座,我想确定这些基因座中哪些(如果有的话)与栖息地显着相关(站点是随机效应)。每个基因座都可以假设独立于其他基因座。

就与其他研究人员的相关性而言,这应该是一个问题,人们试图用GLM或LME分析分子数据将开始遇到更多。

这是我的代码:

##Independent variables
Site=AFLP$Site ##AFLP is my data file
Habitat=AFLP$Habitat
##Dependent variable
Loci=AFLP[,4:99]

##Establishing matrix of variables
mydata <- cbind(Site, Habitat, Loci)

##glm
model1 <- glm(Loci ~ (1|Site)+Habitat, data=mydata, family="binomial")

我收到此错误: model.frame.default中的错误(公式= Loci~(1 | Site)+ Habitat,data = mydata ,:   变量&#39; Loci&#39;

的类型(列表)无效

我知道这个错误与Loci的数据类型有关;但是,我已经尝试了很多东西,但仍然无法弄清楚如何正确解决这个问题。

我的问题似乎与以下链接中的问题类似,但同样,我还无法弄清楚如何将此信息应用于我的数据集。

http://stackoverflow.com/questions/18067519/using-r-to-do-a-regression-with-multiple-dependent-and-multiple-independent-vari

https://stats.stackexchange.com/questions/26585/how-to-do-a-generalized-linear-model-with-multiple-dependent-variables-in-r

提前谢谢你。如果这得到一个简单的答案,我为占用空间而道歉。我一直在谷歌搜索并试图教育自己,我还没有做任何事情。

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