大家。我对R来说很陌生。我一直在努力教育自己这个问题,但我还是继续遇到障碍。
我的数据集有两个分类的独立变量(栖息地(1,2,3)和位点(1,2,3,4,5)。我的反应变量是AFLP基因座的存在与否.I有96个基因座,我想确定这些基因座中哪些(如果有的话)与栖息地显着相关(站点是随机效应)。每个基因座都可以假设独立于其他基因座。
就与其他研究人员的相关性而言,这应该是一个问题,人们试图用GLM或LME分析分子数据将开始遇到更多。
这是我的代码:
##Independent variables
Site=AFLP$Site ##AFLP is my data file
Habitat=AFLP$Habitat
##Dependent variable
Loci=AFLP[,4:99]
##Establishing matrix of variables
mydata <- cbind(Site, Habitat, Loci)
##glm
model1 <- glm(Loci ~ (1|Site)+Habitat, data=mydata, family="binomial")
我收到此错误: model.frame.default中的错误(公式= Loci~(1 | Site)+ Habitat,data = mydata ,: 变量&#39; Loci&#39;
的类型(列表)无效我知道这个错误与Loci的数据类型有关;但是,我已经尝试了很多东西,但仍然无法弄清楚如何正确解决这个问题。
我的问题似乎与以下链接中的问题类似,但同样,我还无法弄清楚如何将此信息应用于我的数据集。
提前谢谢你。如果这得到一个简单的答案,我为占用空间而道歉。我一直在谷歌搜索并试图教育自己,我还没有做任何事情。