如何在Perl中基于存在缺失二进制矩阵数据实现聚类？

Question

Position   Isolate 1   Isolate 2   Isolate 3 ... Isolate n

1              1               0              0           ... 0

2              0               0              1           ... 1

3              1               1              0           ... 0

.
.
upto 20000 rows

1s和0s随机出现。 （基本上是在场缺席数据）
我想将这个nX20000二进制矩阵转换为nXn距离矩阵 我想知道这背后的数学步骤 （我想在perl中以编程方式完成此任务。）

修改
 现在，我有距离矩阵。我需要方法（perl）从距离矩阵创建海法聚类和树状图。

这是：

Position           Isolate 1    Isolate 2   Isolate 3 ... Isolate n

Isolate 1              -             -          -           -

Isolate 2              0.3           -          -           -

Isolate 3              0.5          0.8         -           -
.
Isolate n              0.6          0.7        0.6          -

任何模块已经这样做了吗？如果我需要从头开始怎么办？