总结存在缺失，丰度矩阵

Question

我有一个物种矩阵的网站，如下所示：

colA= c("A","A","A","B","B","B","C","C","C")
colB= c(1,2,3,3,0,1,2,1,0)
colC= c(0,0,0,1,0,0,0,0,1)
df= data.frame (site=colA, sp1=colB, sp2=colC)

该基质具有三个位点A，B，C和两个种类sp1，sp2。

我正在尝试构建代码，按站点汇总每个物种的丰度。最终输出应该是一个数据框，其中一列具有该位点，第二列具有物种名称，第三列具有该物种的丰富度。

我猜这必须在每个网站的循环中完成，然后将摘要放入新的数据框中。

输出应该如下所示：

colA= c("A","B","C","A","B","C")
colB= c("sp1","sp1","sp1","sp2","sp2","sp2")
colC= c(6,4,3,0,1,1)
output= data.frame (site=colA, species=colB, abundance=colC)
output

Answer 1

我想你想要这个：

res <- aggregate(cbind(sp1,sp2)~site, df, sum)
library(reshape2)
melt(res)
#   site variable value
# 1    A      sp1     6
# 2    B      sp1     4
# 3    C      sp1     3
# 4    A      sp2     0
# 5    B      sp2     1
# 6    C      sp2     1