使用WGCNA将探测器ID从数据表达式文件匹配到Gene注释文件

时间:2014-11-16 12:38:04

标签: regex r

我有一个微阵列数据表达文件,其中包含排名最高的基因(带有探针ID)。我想将它们与Gene Annotation文件中的探针ID相匹配。现在问题是,Gene Annotation文件包含相同的探针ID但是以大写字母表示200738_S_AT。在数据表达式文件中,它看起来像:200738_s_at。我试过这个功能 -

       grep(dat_expr_probe_IDS, Gene_annot$probeIDs, ignore.case=TRUE,value=TRUE)

但它只返回一个带有此警告的探测ID -

      argument 'pattern' has length > 1 and only the first element will be used 

如何增加图案长度以匹配它们?

数据表达式文件如下所示 -

                            probe IDS

                         1  202958_at
                         2  203050_x_at
                         3  217980_s_at
                         4  225265_at
                            ...

基因注释文件示例在这里 -

                            probe IDS

                         1  202968_AT
                         2  203050_X_AT
                         3  217981_S_AT
                         4  225265_AT
                            ...

提前致谢!

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