Question

目前，我正在将一个数据集应用于WGCNA代码，以进行网络构建和模块检测。在这里，我必须使用一个名为“pickSoftThreshold”的函数来检测网络拓扑。当我运行它时，它显示我的错误 -

       > sft = pickSoftThreshold(datExpr, powerVector = powers, verbose = 5)
           pickSoftThreshold: will use block size 18641.
           pickSoftThreshold: calculating connectivity for given powers...
           ..working on genes 1 through 18641 of  54675
           Error in serialize(data, node$con) : error writing to connection

任何想法如何摆脱它？在此先感谢!!

Answer 1

我自己刚开始使用WGCNA几天前并不熟悉它。但是错误看起来像你使用了太多的基因（高达55k）：我认为你应该找到一种方法来过滤掉其中的一些，如果你的计算机不够强大的话。（来自http://labs.genetics.ucla.edu/horvath/CoexpressionNetwork/Rpackages/WGCNA/faq.html的想法）

WGCNA中的“PickSoftThreshold”功能问题？

1 个答案: