WGCNA -labeledHeatmap()函数中的错误

时间:2019-02-13 22:00:48

标签: r

我无法使用自己的数据创建带标签的热图。当我尝试它时,出现此错误消息:

"Error in .approxfun(x, y, v, method, yleft, yright, f) : 
  argument "n" is missing, with no default"

使用带有标签的Heatmap()帮助(https://rdrr.io/cran/WGCNA/man/labeledHeatmap.html)的示例,我能够复制相同的错误:

library(WGCNA)
nCol = 8; nRow = 7;
mat = matrix(runif(nCol*nRow, min = -1, max = 1), nRow, nCol);

rowColors = standardColors(nRow);
colColors = standardColors(nRow + nCol)[(nRow+1):(nRow + nCol)];

rowColors;
colColors;

sizeGrWindow(9,7)
par(mfrow = c(2,2))
par(mar = c(4, 5, 4, 6));

# Label rows and columns by text:

labeledHeatmap(mat, xLabels = colColors, yLabels = rowColors, 
               colors = greenWhiteRed(50),
               setStdMargins = FALSE, 
               textMatrix = signif(mat, 2),
               main = "Text-labeled heatmap");
  

.approxfun(x,y,v,method,yleft,yright,f)中的错误:     参数“ n”丢失,没有默认值   另外:警告消息:   在绿色白色红色(50)中:     WGCNA :: greenWhiteRed:此调色板不适合人   具有绿红色色盲(最常见的一种色盲)。   考虑改用blueWhiteRed函数。

# Label rows and columns by colors:

rowLabels = paste("ME", rowColors, sep="");
colLabels = paste("ME", colColors, sep="");

labeledHeatmap(mat, xLabels = colLabels, yLabels = rowLabels,
               colorLabels = TRUE,
               colors = greenWhiteRed(50),
               setStdMargins = FALSE,
               textMatrix = signif(mat, 2),
               main = "Color-labeled heatmap");
  

.approxfun(x,y,v,method,yleft,yright,f)中的错误:     参数“ n”丢失,没有默认值   另外:警告消息:   在绿色白色红色(50)中:     WGCNA :: greenWhiteRed:此调色板不适合人   具有绿红色色盲(最常见的一种色盲)。   考虑改用blueWhiteRed函数。

我正在使用WGCNA版本1.66

0 个答案:

没有答案