我无法使用自己的数据创建带标签的热图。当我尝试它时,出现此错误消息:
"Error in .approxfun(x, y, v, method, yleft, yright, f) :
argument "n" is missing, with no default"
使用带有标签的Heatmap()帮助(https://rdrr.io/cran/WGCNA/man/labeledHeatmap.html)的示例,我能够复制相同的错误:
library(WGCNA)
nCol = 8; nRow = 7;
mat = matrix(runif(nCol*nRow, min = -1, max = 1), nRow, nCol);
rowColors = standardColors(nRow);
colColors = standardColors(nRow + nCol)[(nRow+1):(nRow + nCol)];
rowColors;
colColors;
sizeGrWindow(9,7)
par(mfrow = c(2,2))
par(mar = c(4, 5, 4, 6));
# Label rows and columns by text:
labeledHeatmap(mat, xLabels = colColors, yLabels = rowColors,
colors = greenWhiteRed(50),
setStdMargins = FALSE,
textMatrix = signif(mat, 2),
main = "Text-labeled heatmap");
.approxfun(x,y,v,method,yleft,yright,f)中的错误: 参数“ n”丢失,没有默认值 另外:警告消息: 在绿色白色红色(50)中: WGCNA :: greenWhiteRed:此调色板不适合人 具有绿红色色盲(最常见的一种色盲)。 考虑改用blueWhiteRed函数。
# Label rows and columns by colors:
rowLabels = paste("ME", rowColors, sep="");
colLabels = paste("ME", colColors, sep="");
labeledHeatmap(mat, xLabels = colLabels, yLabels = rowLabels,
colorLabels = TRUE,
colors = greenWhiteRed(50),
setStdMargins = FALSE,
textMatrix = signif(mat, 2),
main = "Color-labeled heatmap");
.approxfun(x,y,v,method,yleft,yright,f)中的错误: 参数“ n”丢失,没有默认值 另外:警告消息: 在绿色白色红色(50)中: WGCNA :: greenWhiteRed:此调色板不适合人 具有绿红色色盲(最常见的一种色盲)。 考虑改用blueWhiteRed函数。
我正在使用WGCNA版本1.66