Question

以下是使用tabix从特定区域获取VCF文件的代码，然后使用vcftools中的“keep”选项对特定（欧洲）人口进行过滤。

####select specific population
if [ "$POP_FILE" != "" ]; then
    vcftools --vcf temp.vcf --keep $POP_FILE --recode --recode-INFO-all > temp2.vcf 2> /dev/null
else
    cp -f temp.vcf temp2.vcf    
fi

问题：它会创建recode.vcf文件，但由于temp2文件为空，因此不会发生重定向

Answer 1

我会避免使用vcftools并使用bcftools（https://github.com/samtools/bcftools）代替：

if [ "$POP_FILE" != "" ]; then
  bcftools view temp.vcf -S $POP_FILE -o temp2.vcf
else
  cp -f temp.vcf temp2.vcf
fi

安装bcftools：

git clone --branch=develop git://github.com/samtools/bcftools.git
git clone --branch=develop git://github.com/samtools/htslib.git
cd htslib && make && cd ..
cd bcftools && make && cd ..
sudo cp bcftools/bcftools /usr/local/bin/

在linux中重定向vcftools文件 - 提示

1 个答案: