Question

我正在尝试使用plink将.vcf文件转换为.ped文件。我在线阅读了一些手册和帖子，但似乎没有人特别提到如何将vcf转换为ped。

我希望这里可能有一些专家有plink将vcf转换成ped的经验。如果你能分享知识，我将不胜感激。此外，如果有其他方式（非plink）这样做，请分享。

谢谢！

Answer 1

我使用VCFtools将我的vcf文件转换为PLINK格式（ped，fam，map）： https://vcftools.github.io/man_latest.html

我的命令如下：

vcftools --vcf my_data.vcf --out my_data --plink

Answer 2

Plink提供了自己的功能，可以将vcf（和其他格式）文件转换为与plink兼容的文件。您要查找的命令是recode，实际命令如下所示：

plink --vcf myfile.vcf.gz --recode --out myfile