我可以在这里得到一些帮助吗？有没有人在plink（全基因组关联分析工具集）中遇到以下错误，同时从'ped'，'map'格式转换为二元对应'bed'，'bim'，'fam'？我正在使用Linux和plink v1.90b3j。
Error: Line 1 of .ped file has fewer tokens than expected.
我在python脚本中使用此命令在几十个文件上运行它：
plink --file S205 --out S205 --make-bed
对于32个中只有2个文件，在这种情况下，我收到此错误。该文件与所有其他文件完全相同，因为它们之前也都使用相同的脚本完成。所有样本的家庭，父亲，母亲身份和性别都是相同的，正如我所说，等位基因信息的编写方式与所有其他30个工作文件完全相同。
我注意到当我将行结束编码更改为“Windows”时，错误会更改为以下内容。其他好的文件适用于任何类型的行结尾（Unix，Win，Mac）。
Error: Line 4009 of .bim file has fewer tokens than expected.
作为一个例子，我留下了工作* .ped（S209）和非工作（S204）的第一列和最后一列。
S209 S209 0 0 1 1 C C C C T T T T ... G G G G G G
S204 S204 0 0 1 1 T T T T G G G G ... G G G G C C
谢谢！ 丹尼尔
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我发现了问题所在。我的“ ped”文件的基因型数量与“ map”文件的数量不完全相同，原因是质量较低。我的脚本是跳过那些SNP，并且不向“ ped”输出任何内容。由于“地图”文件是根据GATK堆积文件位置创建的，因此存在不匹配的情况，因为所有位置都已转移到“地图”文件中。尽管将其保留在此处可能会很有用，但可以将其标记为已解决。