R：如何：使用gplot和geom_density绘制3d密度图

Question

我试图将多个密度图与叠加图结合起来。 ggplot和geom_density可以完成这项任务，但密度相互叠加。

ggplot(all.complete, aes(x=humid_temp)) +  
  geom_density(aes(group=height, colour=height, fill=height.f, alpha=0.1)) + 
  guides(fill = guide_legend(override.aes = list(colour = NULL))) +
  labs(main="Temperature by Height", x="Temperature", y="Density")

与此类似的是我想要实现的目标：

就我而言，年份将由身高代替。

感谢!!!

Answer 1

您要查找的图表称为 ridgelineplot 。尝试使用ggplot2的{​​{3}}包。

时态数据的一个例子：

library(viridis)
ggplot(lincoln_weather, aes(x = `Mean Temperature [F]`, y = `Month`, fill = ..x..)) +
  geom_density_ridges_gradient(scale = 3, rel_min_height = 0.01, gradient_lwd = 1.) +
  scale_x_continuous(expand = c(0.01, 0)) +
  scale_y_discrete(expand = c(0.01, 0)) +
  scale_fill_viridis(name = "Temp. [F]", option = "C") +
  labs(title = 'Temperatures in Lincoln NE',
       subtitle = 'Mean temperatures (Fahrenheit) by month for 2016\nData: Original CSV from the Weather Underground') +
  theme_ridges(font_size = 13, grid = TRUE) + theme(axis.title.y = element_blank())

结果如下：

ggridges

Answer 2

正如@jloward所提到的，使用facet可以工作，或使用子图，但任何一个选项都不能很好地适应大量的组。请考虑使用ecdf图。

如果没有对象中的数据全部完成，我无法重新创建你的情节，所以这里有一个简化的例子：

library(ggplot2)

ggplot(iris, aes(x = Sepal.Length)) +  
  geom_density(aes(group = Species, 
                   colour = Species, 
                   fill = Species),
               alpha = 0.2)

对于超过几个小组，我发现ecdf情节更容易解释。制作类似的情节：

 ggplot(iris, aes(x = Sepal.Length)) +  
  stat_ecdf(aes(color = Species))

你可以在同一个地块上有几十个ecdf情节，因为它们只是线条，它们仍然可以分开观察。密度图或直方图过于重叠，如您的示例所示。

这是让我开始使用ecdf情节的博文，并提供了更多关于它们的信息：http://allendowney.blogspot.com/2013/08/are-my-data-normal.html

Answer 3

我知道这个老了，但是其他有这类问题的人可能偶然发现这个帖子，所以我想我会添加一个最近发现的解决方案。有一个新的包只是为了完成这种类型的可视化而创建的，它被称为ggjoy，旨在与ggplot2系统一起使用。

所有信息均可在此处找到：https://github.com/clauswilke/ggjoy

希望这可以有所帮助！