Question

我正在使用pheatmap()函数创建热图，使用以下代码：

library(pheatmap)
pheatmap((data_matrix[,1:11]), cluster_rows = F, cluster_cols = F, scale="none",
     show_rownames=F, treeheight_row = F, 
     color=colorRampPalette(rev(c("red","white")))(50),
     main="values", cex.main=1.2)

我想在某些位置添加文字和行来表示组和百分比。

abline()和text()没有工作和过度绘图我到目前为止还没有成功。

最好的方法是什么？

谢谢，菲利普

Answer 1

如果您查看pheatmap函数的源代码，您会看到，在调整数据之后，它会调用heatmap_motor函数。

查看此函数（它未导出，因此您必须键入pheatmap:::heatmap_motor才能查看其源代码），您将看到它使用grid包中的函数绘制热图，因此使用abline或text无法工作，但grid.abline或grid.text将会使用！

例如（请注意，坐标是通过反复试验过程找到的）：

library(pheatmap)
library(grid)

a <- matrix(rnorm(100), 10, 10)
pheatmap(a, cluster_rows = F, cluster_cols = F)

grid.text(1:100, x=rep(seq(0.05, 0.91, length.out=10), 10), 
          y=rep(seq(0, 1, 0.1)+0.05, each=10))

Answer 2

您可以在display_numbers中使用pheatmap选项。例如，

library(pheatmap)

a <- matrix(rnorm(90), 9, 10)
txt <- matrix(sample(letters, replace = TRUE, 90), 9, 10)
pheatmap(a, cluster_rows = F, cluster_cols = F, display_numbers = txt)

结果数字：pheatmap with texts

R - 如何在pheatmap中添加行和文本？

2 个答案: