Pheatmap缩放会创建空白行(缺少值)

时间:2019-02-11 12:14:33

标签: r pheatmap

我有一个具有基因表达值的矩阵,并希望将其绘制在热图中。但是,当我使用缩放选项scale = "row"时,热图中会出现一些空白(灰色)行。因此,phoemap不允许基于行的任何聚类。当我不按比例绘制图时,没有空线。

我怀疑这可能是由于某些行中的低变异性和低表达,但是在表达数据集中没有缺失值。

p <- pheatmap(expression_matrix, 
         show_rownames=F, 
         show_colnames = T,
         clustering_distance_rows = "manhattan",
         cluster_cols=F,
         cluster_rows=F,
         annotation_col=df,
         annotation_colors = my_colors, 
         scale = "row")

我正在寻找一种解释,为什么会发生这种情况,以及如何避免这种情况的发生。

缩放前的绘图:

enter image description here

缩放后的图:

enter image description here

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