我有一个具有基因表达值的矩阵,并希望将其绘制在热图中。但是,当我使用缩放选项scale = "row"
时,热图中会出现一些空白(灰色)行。因此,phoemap不允许基于行的任何聚类。当我不按比例绘制图时,没有空线。
我怀疑这可能是由于某些行中的低变异性和低表达,但是在表达数据集中没有缺失值。
p <- pheatmap(expression_matrix,
show_rownames=F,
show_colnames = T,
clustering_distance_rows = "manhattan",
cluster_cols=F,
cluster_rows=F,
annotation_col=df,
annotation_colors = my_colors,
scale = "row")
我正在寻找一种解释,为什么会发生这种情况,以及如何避免这种情况的发生。
缩放前的绘图:
缩放后的图: