在Pheatmap中使用display_numbers函数时隐藏NA值

Question

我正在通过pheatmap包在r中绘制热图。

我应用了display_numbers函数以将矩阵中的值显示到热图中，并且得到了：

heatmap

我的矩阵中有很多NA，我想将它们隐藏在热图中，我该怎么办？

Answer 1

首先，如果您要提供可重复的且最少的样本数据，人们可以轻松地为您提供帮助。请考虑查看如何为以后的帖子提供minimal reproducible example/attempt。

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关于您的问题：

1. 让我们生成一些样本数据

   set.seed(2018)
   mat <- matrix(runif(20), 4, 5)
   

   我们使用第二个矩阵通过display_numbers的参数pheatmap显示值。在这里，我们只需复制原始矩阵并随机生成一些NA值：

   mat2 <- mat
   mat2[mat2 < 0.5] <- NA
   

2. 我们现在将NA值替换为空字符串。

   mat2[is.na(mat2)] <- ""
   

3. 让我们展示热图

   pheatmap(mat, display_numbers = mat2)