Question

我正在尝试使用R中的包pheatmap创建一个带有基因表达式值的热图。我已经多次使用该代码并且从未出现问题，直到今天。看来当我做scale =“row”时，我最终得到了这个错误。我无法创建z分数。因此，可能某些行没有可变性，因此发生这种情况。我怎么能摆脱这个。矩阵具有1100行和9列。我的代码：

data  <- read.table("~path/DEGs_DESeq.txt",sep="\t")
data2 <- as.matrix(data[,2:9])
data3 <- data2[-1,]
samples <- data2[1,]
genes <- data[2:length(data2[,1]),1]
vett <- as.numeric(data3)
data4 <- matrix(vett, length(genes), length(samples), dimnames=list(paste(genes),paste(samples))) 
head(data4)

pheatmap(as.matrix(data4), col=bluered(200), scale="row", key=T, keysize=1.5,
    density.info="none", trace="none",cexCol=0.6, fontsize_row=8, fontsize_col=10)

hclust中的错误（d，method = method）：外国函数调用中的NA / NaN / Inf（arg 11）

如何摆脱这个错误？

Answer 1

我实际上已经解决了..我必须在执行z分数计算时删除没有SD出现的行，并重建热图。感谢

Answer 2

您可能在数据框中包含所有具有location = / { root /usr/share/nginx/html; index index.html; } # all the other requests will be served with the following location location / { return 503; }值的行

pheatmap scale =“row”在hclust中给出错误（d，method = method）：外部函数调用中的NA / NaN / Inf

2 个答案: