hclust中的错误（d，方法=方法）：外部函数调用中的NA / NaN / Inf（arg 11）

Question

我是RStudio的新手并拼命想要掌握这一切，所以如果这是一个愚蠢的问题，我道歉。 我正在尝试使用pheatmap为我的RNA Seq数据集生成热图，但是我再次出现了一些错误。 我的数据如下：

我正在尝试使用以下代码，该代码来自其他用户。

热图代码

pheatmap(
  mat               = mydata,
  color             = inferno(10),
  border_color      = black,
  show_colnames     = FALSE,
  show_rownames     = FALSE,
  annotation_col    = mydata$sample_1,
  annotation_colors = mydata$value_1,
  drop_levels       = TRUE,
  fontsize          = 10,
  main              = "Default Heatmap")

当我将其输入系统时，我收到此错误： hclust中的错误（d，method = method）：   外国函数调用中的NA / NaN / Inf（arg 11） 另外：警告信息： 1：在dist（mat，method = distance）中：通过强制引入的NA 2：在dist（mat，method = distance）：由强制引入的NA

我尝试过寻找答案，但很难将其与我的数据联系起来。我查看了我的数据框，这似乎是对这种类型的错误的响应，但似乎没有任何明显的问题导致我的问题。我已经给你下面的数据框了，所以你可以看到我在说什么。如果我错过了什么，请告诉我。

'data.frame':   6436 obs. of  15 variables:  
$ test_id          : Factor w/ 1517 levels "ABCA6","ABCA8",..: 273 370 273    
$ sample_1       : Factor w/ 5 levels "BAMBI_kd","BAMBI_PPARg_kd",..: 1 2 5    
$ sample_2         : Factor w/ 5 levels "BAMBI_kd","BAMBI_PPARg_kd",..: 3 3     
$ status           : Factor w/ 1 level "OK": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...  
$ value_1          : num  0.0872 0.0894 0.098 0.099 0.099 ... 
$ value_2          : num  0.482 0.475 0.482 1.224 1.506 ...  
$ log2.fold_change.: num  2.47 2.41 2.3 3.63 3.93 ...  
$ test_stat       : num  2.37 1.86 2.32 3.45 3.74 ...  
$ p_value          : num  0.00045 0.0006 0.0006 0.00005

谢谢，我期待您的回复。

Answer 1

我不确定这在创建热图时是否适用，但是在尝试使用rcorr（）和corrplot（）创建视觉相关矩阵时出现此错误。我没有NA，NaN或Inf，但意识到我的变量之一只有0（或所有相同的值）。通过从数据集中过滤该变量来解决。