在Python中计算调整后的p值

时间:2014-08-07 14:31:39

标签: python statistics p-value q-value

所以,我一直在寻找一种方法来在Python中获得调整后的p值(也就是更正的p值,q值,FDR),但我还没有找到任何东西。有R函数p.adjust,但如果可能的话,我想坚持使用Python编码。 Python有什么类似的东西吗?

如果这是某个错误的问题,请提前抱歉!我首先搜索了答案,但没有找到(除了Matlab版本)...感谢任何帮助!

3 个答案:

答案 0 :(得分:20)

答案 1 :(得分:4)

您可以尝试使用允许导入R功能的模块rpy2(b.t.w。,基本搜索返回How to implement R's p.adjust in Python)。

另一种可能性是将数学看作自己的重做,因为它仍然相对容易。

显然,scipyhttp://statsmodels.sourceforge.net/ipdirective/_modules/scikits/statsmodels/sandbox/stats/multicomp.html正在进行实施。也许它已经可以使用了。

答案 2 :(得分:0)

您在问题中提到了 q 值,但没有答案提供解决此问题的链接。我相信这个包(至少从文档中看起来是这样)在 python 中计算 q 值

https://puolival.github.io/multipy/

还有这个

https://github.com/nfusi/qvalue