按p值剪切rcorr表

时间:2014-08-04 10:33:24

标签: r correlation p-value

我使用rcorr将54项与24项相关联。

不用担心,我知道这是很多相关因素,可能需要执行额外的统计数据才能解决这个问题。这主要是为了了解我的数据。

使用rcorr我想将生成的表格缩小到.05以下的p值。我对此项目的任何相关性不感兴趣。该命令会是什么样的?现在这是我使用

的命令
library(Hmisc)
x=matrix(sample.int(7, size = 100*79, replace = TRUE), nrow = 100, ncol = 79)
rcorr(as.matrix(x[,2:25]),as.matrix(x[,26:79]))

我还运行了所有项目的PCA,看看它们是如何加载的,但我也希望看到相关性。

1 个答案:

答案 0 :(得分:1)

我确信Frank Harrell会为此感到震惊,因为他因为指出这种多重测试操作无法成为推理的有效基础而闻名,但作为编程练习,这可能是有用的:

pres <- rcorr(as.matrix(x[,2:25]),as.matrix(x[,26:79]))$P
is.na(pres) <- pres < 0.05
pres

如果不是以矩阵格式呈现,而是想要这些值的行号和列号,那么它将是:

 which( pres < 0.05, arr.ind=TRUE )

(请弗兰克,原谅他们,因为他们不知道他们做了什么。)