目标

Question

我已经提出了相关问题here，here和here。

目标

我有一个很长的Rmd文件（保存在R项目中），我想用目录编织成Html和PDF文件。

问题背景

我之前使用的是RStudio 0.98.501。设置如下：

文档顶部没有目录（TOC）命令
外部图像的绝对路径
cache=TRUE

当我第一次点击knitHtml按钮时，它创建了新文件夹：figures，cache，knitHTML等。没有问题，一切正常。但后来我决定添加TOC。使用Rmarkdown Version 2 page处的Output Options部分，我在顶部添加了toc命令，单击了knitHtml按钮，但得到了与之前完全相同的输出，没有任何TOC。所以，我决定升级到RStudio Preview版本。

当前问题状态

更新到预览版后，我打开了项目并单击了knitHtml按钮。它给出了一个错误，即找不到其中一个外部图像。因此，根据谢毅辉的建议我做了以下事情：

复制上一次由R创建的所有外部图像和绘图编织到Rmd文件所在的文件夹。这是项目目录中的knitHtml文件夹。
所有外部图片的相对路径
cache=TRUE

然后我点击knitHTML按钮并出现以下错误：

output file: Trajectory1-new.knit.md
"C:/Program Files/RStudio/bin/pandoc/pandoc" Trajectory1-new.utf8.md --to html --from markdown+autolink_bare_uris+ascii_identifiers+tex_math_single_backslash-implicit_figures --output Trajectory1-new.html --smart --email-obfuscation none --self-contained --standalone --section-divs --table-of-contents --toc-depth 3 --template C:\Users\durraniu\Documents\R\win-library\3.0\rmarkdown\rmd\h\default.html --variable theme:united --include-in-header C:\Users\durraniu\AppData\Local\Temp\Rtmp0OFfmZ\rmarkdown-str10186bd23276.html --mathjax --variable mathjax-url:https://c328740.ssl.cf1.rackcdn.com/mathjax/latest/MathJax.js?config=TeX-AMS-MML_HTMLorMML --no-highlight --variable highlightjs=C:\Users\durraniu\Documents\R\win-library\3.0\rmarkdown\rmd\h\highlight 
pandoc.exe: Could not find data file ./Trajectory1-new_files/figure-html/pdf_velocity.png
Error: pandoc document conversion failed with error 97
In addition: Warning messages:
1: In if (grepl(" ", path, fixed = TRUE)) path <- utils::shortPathName(path) :
  the condition has length > 1 and only the first element will be used
2: running command '"C:/Program Files/RStudio/bin/pandoc/pandoc" Trajectory1-new.utf8.md --to html --from markdown+autolink_bare_uris+ascii_identifiers+tex_math_single_backslash-implicit_figures --output Trajectory1-new.html --smart --email-obfuscation none --self-contained --standalone --section-divs --table-of-contents --toc-depth 3 --template C:\Users\durraniu\Documents\R\win-library\3.0\rmarkdown\rmd\h\default.html --variable theme:united --include-in-header C:\Users\durraniu\AppData\Local\Temp\Rtmp0OFfmZ\rmarkdown-str10186bd23276.html --mathjax --variable mathjax-url:https://c328740.ssl.cf1.rackcdn.com/mathjax/latest/MathJax.js?config=TeX-AMS-MML_HTMLorMML --no-highlight --variable highlightjs=C:\Users\durraniu\Documents\R\win-library\3.0\rmarkdown\rmd\h\highlight' had status 97 
Execution halted

所以，我尝试knit PDF并且它有效。输出与预期一致。然后我在全局块选项中更改为cache=FALSE并单击knit HTML。花了很长时间（我的文件有很多分析）并给出了带有TOC的html文件作为输出，我需要的。

我的问题是，为什么在cache=FALSE适用于RStudio预览版中的PDF时，我必须将cache=TRUE用于创建html？只需添加一个部分，我就不能每次等待15-20分钟才能看到输出。我该如何解决这个问题？

修改

以下是最重要的事项：

---
title: "Sample Document"
output:
  html_document:
    theme: united
    toc: yes
---

Trajectory: 7:50 am - 8:05 am (t1)
========================================================
```{r setup}
# set global chunk options: 
library(knitr)
opts_chunk$set(cache=TRUE, fig.align='center')
```
```{r alllibraries, echo=FALSE}
library(ggplot2)
library(plyr)
library(data.table)
library(parallel)
library(xtable)
library(ggthemes)
suppressPackageStartupMessages(library(googleVis))
my.theme<-function(base_size = 12, base_family = "Trebuchet MS")
{theme(plot.title = element_text(size = rel(2)), panel.grid.major=element_line(color='grey'), panel.grid.minor=element_line(color='grey', linetype='dashed'), legend.position='bottom', legend.background = element_rect(colour = "black"), strip.text = element_text(size=13, lineheight=2))
}
```

Answer 1

这可能仅作为评论，但它对我有用。

因为我最初在较旧版本的RStudio（0.98.501）中创建项目和Markdown文档，然后转换为预览版本，我认为，有必要在块选项中指定图形和缓存路径。所以，我做了以下事情：

opts_chunk$set(cache=TRUE, cache.path = 'DocumentName_cache/', fig.path='figure/')

现在，我没有必要cache=FALSE来编织HTML。在预览版中，我现在可以轻松创建目录并更改主题。

在RStudio预览版中编织Html的问题

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1 个答案: